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医療統計でお勧めのソフト

医療統計でお勧めのソフト

「〇〇という疾患の20例」のような学会発表や論文を書くときに必要になってくるのが「統計ソフト」という代物です。エクセル(Microsoft Excel)は有料ですが、どこにでもインストールされていることが多く、平均や標準偏差を求めたり、簡単なグラフを描くのには十分な統計ソフトと言えると思います。本サイトでもエクセルを用いた統計の解説をさせていただきます。ただ、t検定などの、2つのグループ間の平均値に有意差があるかどうかなどの検定をエクセルで繰り返し行うのは面倒です。

2017年時点で、医療統計に用いることができる主なソフトとしては、

  1. Microsoft Excel
  2. R
  3. JMP
  4. SAS
  5. SPSS

が挙げられます。どのソフトも英語論文での実績はありますが、後半の3つは価格が数万円と高く、潤沢な研究費を持っている人でないと事実上使用不可能です。

4Stepsエクセル統計

4Stepsエクセル統計は、4320円と他の統計ソフトと比べて格段に安く、本に付属のStatcel4というExcelアドインをインストールして、本に従ってクリック操作だけで、t検定、重回帰分析やカプランマイヤー曲線の描画を実行することができます。学会発表や論文投稿にはこれ1冊で十分だと思います。論文のMethodには、

Statcel 4 software, OMS Publishing Inc., Saitama, Japan

と記載すればよいようです。お勧めです。4Stepsエクセル統計の本を1冊購入して、その本に従ってやっていけばできますので、特にこのサイトにこれ以上記載することがないです。筆者は社会人1年目のときに利用していて、カプランマイヤー曲線が簡単に描けて感動した思い出があります。

EZR

EZRは、プログラミング言語Rを発展させて、クリック操作だけで統計解析を行うことができるようにしたフリーソフトです。Windowsパソコンであれば、インストールも簡単です。もちろんMacでも使用することができます。唯一の難点は、エクセルで集めたデータを、一度、csvファイルに変換してから、EZRに取り込むのが、多少、面倒なところです。2017年現在、筆者はこれを愛用しています。

初めて統計をしようとする人にとっては、『どのようなときに、どの手法を使えばよいのか?』というところが分からないものです。しかし、2015年に発売された初心者でもすぐにできるフリー統計ソフトEZR(Easy R)で誰でも簡単統計解析には、具体的な実例とともに、例えば、t検定を行ってよい条件や、実際のt検定のやり方、結果の解釈の仕方などが簡潔に分かりやすく書かれており、多少値段は高めにも思えますが、統計の本の中で一番のお勧めです。

この本を一冊読めばそれで十分なのですが、それだとこのサイトに書くことがなくなってしまうので、よく使う項目だけでも、解説させて頂きたいと思います。

ちなみに、論文のMethodには、

All statistical analyses were performed with EZR (Saitama Medical Center, Jichi Medical University, Saitama, Japan), a graphical user interface for R 2.13.0 (R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria) [19]. More precisely, EZR is a modified version of R commander (version 1.6-3) designed to add statistical functions used frequently used in biostatistics.

と記載すればよいようです。
引用文献としては、以下を記載すればよいそうです。

Bone Marrow Transplantation 2013: 48, 452–458

R

R言語(あーるげんご)はオープンソース・フリーソフトウェアの統計解析向けのプログラミング言語です。

通常は上記のEZRを使えば十分なのですが、解析の経過を文章で残したかったり、後で確認したい場合に、R Studioというフリーソフトを用いてR markdown記法でレポートを記載しておくと便利です。

プログラミングをやったことがない方には非常にとっつきにくいかもしれませんが、将来的にはこちらを解説させて頂きたいと思います。

R markdownについては、以下のサイトが非常にお勧めです。

連載
R Markdownで楽々レポートづくり

http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown

論文のMethodに記載するときの例を以下に挙げておきます。

The statistical analysis was performed using R, version 3.3.1 (2016-06-21).

R Core Team. (2016). R: A language and environment for statistical computing(Version 3.3.1, 2016-06-21, svn rev 70800). Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. Retrieved from www.R-project.org/

参考文献

リンク

医療統計でお勧めのソフト.txt · 最終更新: 2018/10/07 (外部編集)