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--- ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ [2018/08/10]
adash333 [見出し]
+++ ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ [2018/10/07] (現在)
@@ ライン 5: / ライン 5: @@
 基本的には、<wrap em>ggplot()+theme_set(theme_classic())</wrap>を用いるのですが、具体的な方法を記載させていただきたいと思います。
-===== 見出し =====
+===== 開発環境 =====
-作成中
+https://rstudio.cloud/
+年8月現在、メールアドレスを登録するのみで、無料です。
+[[https://rstudio.cloud/|RStudio Cloud]]のconsole画面（画面左下）で、<wrap hi><wrap em>install.packages("tidyverse")</wrap></wrap>を入力して、tidyverseパッケージをインストールした状態とします。
-サマリー作成用の関数の定義
+{{:pasted:20180813-231913.png}}
+インストール終了後の画面
+{{:pasted:20180813-232101.png}}
+参考：http://twosquirrel.mints.ne.jp/?p=26918
+===== Rmdファイルの新規作成と保存 =====
+File > New File > R Notebook　で、R Notebookファイルを新規作成。
+{{:pasted:20180813-232234.png}}
+{{:pasted:20180813-232303.png}}
+以下のようにR Notebookファイルが作成されるので、
+===== 1.サマリー作成用の関数の定義 =====
+ggplot2()でグラフを記載する前に、データを整理する必要があります。
 Plotting means and error bars (ggplot2)\\
@@ ライン 53: / ライン 75: @@
 </code>
-白黒の折れ線グラフの作成
+===== 2.白黒の折れ線グラフの作成 =====
 <code>
@@ ライン 71: / ライン 93: @@
 </code>
+以下のようなグラフが出力されます。
+{{:pasted:20180811-054428.png}}
+===== 3.グラフをpngファイルで出力 =====
+以下のように、ggsave()関数で、グラフをpngファイルで出力することができます。
+グラフを出力する方法としては、RmdファイルをKnit（htmlファイルなどに変換すること）してから、htmlファイル上の画像を右クリックして保存することでも、保存することができます。
+<code>
+library(tidyverse)
+p0 = ggplot(mpg, aes(x = displ, y = cty))
+p1 = p0 + geom_point()
+p2 = p1 + theme_classic(base_size = 20, base_family = "Helvetica")
+p3 = p2 + stat_smooth(method = lm, formula = y ~ log(x))
+ggsave("mpg-displ-cty.png", p3, width = 4, height = 4, dpi=300)
+</code>
+Rmdファイルと同じフォルダに、以下のようなgraph.pngが保存されます。
+{{:pasted:20180811-054708.png}}
+===== エラーバーを片方だけにつける =====
+下記リンク先によりますと、
+<code>
+. geom_errorbar()でwidth=0のエラーバーを作成
+. geom_segment()で片方だけエラーバーの横線を追加
+</code>
+という流れになります。
+geom_segment()でエラーバーのxの始点と終点を指定するときに、
+<code>
+横軸が数字であれば、as.numeric(key)-0.1のように指定する
+横軸が文字（00pre, 1month, 2month, 3monthなど）であれば、
+keyを0,1,2,3などに置き換えてから（csvファイルを修正しておいてもよいかもしれません）、
+as.numeric()で数値に変更しておく。
+</code>
+ところが少し難しいポイントとなります。
+<code>
+pd <- position_dodge(0.1) # move them .05 to the left and right
+ggplot(xc, aes(x=key, y=value, shape=DM, group = DM)) +
+    theme_set(theme_classic()) +
+    geom_point(size=4) +
+    #errorbar without caps
+    geom_errorbar(data=with(xc,xc[which(DM=='D'),]),
+            aes(ymin = value, ymax = value+se),width=0) +
+    geom_errorbar(data=with(xc,xc[which(DM=='N'),]),
+            aes(ymin = value-se, ymax = value),width=0) +
+    geom_line(aes(linetype = DM), position=pd) +
+    #geom_segment for caps
+    geom_segment(data=with(xc,xc[which(DM=='D'),]),
+            aes(y=value+se,yend=value+se,x= as.numeric(substr(key, 7, 7))-0.1,xend= as.numeric(substr(key, 7, 7))+0.1)) +
+    geom_segment(data=with(xc,xc[which(DM=='N'),]),
+            aes(y=value-se,yend=value-se,x= as.numeric(substr(key, 7, 7))-0.1,xend= as.numeric(substr(key, 7, 7))+0.1)) +
+    ylim(230, 300) +
+    ggtitle("Figure 3") +
+    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
+</code>
+https://stackoverflow.com/questions/44194700/selecting-direction-of-multiple-error-bars-in-a-line-plot
+===== グラフのtitleを真ん中上に記載 =====
+<code>
+library(tidyverse)
+tg <- ToothGrowth
+tgc <- summarySE(tg, measurevar="len", groupvars=c("supp","dose"))
+ggplot(tgc, aes(x=dose, y=len, shape=supp)) +
+    theme_set(theme_classic()) +
+    ylim(0, 40) +
+    ggtitle("Figure 3") +
+    theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
+</code>
 ===== リンク =====
+https://heavywatal.github.io/rstats/ggplot2.html
+===== リンク（英語） =====
 https://mrunadon.github.io/ThesisPlot/

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