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--- rnotebookで折れ線グラフ [2017/12/07]
adash333 作成
+++ rnotebookで折れ線グラフ [2018/10/07] (現在)
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 基本的に、[[Excelで折れ線グラフと誤差]]に記載させていただいた方法でExcelを用いて描く法が圧倒的に早いです。しかし、見栄えを細かく設定したい場合は、Rを用いてグラフを描くとよいと思われます。かなり面倒ですが、慣れてくると、おそらく、楽しくなってくると思われます。
+===== 開発環境 =====
+Windows 8.1 Pro (64-bit)\\
+R Studio 1.1.383
+===== 1.データの準備 =====
+エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。
+今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。
+^ ID     ^ age      ^ sex ^ DM     ^ HbA1c00M ^ HbA1c01M ^ HbA1c02M ^ HbA1c03M ^
+| 00001    | 56 | M | 1 | 7.3  | 7.4 | 7.3  | 7.4 |
+| 00002    | 77    | F    | 1  | 8.3  | 8.4 | 8.3  | 8.2 |
+| 00003    | 68    | M    | 1  | 7.1  | 7.0 | 7.0  | 7.0 |
+| 00004    | 81    | F    | 1  | 7.6  | 7.4 | 7.3  | 7.4 |
+| 00005    | 42    | M    | 1  | 10.1 | 8.4 | 7.3  | 6.5 |
+| 00006    | 65    | M    | 1  | 6.1  | 6.2 | 6.2  | 6.3 |
+| 00007    | 68    | F    | 1  | 7.8  | 7.4 | 7.9  | 8.4 |
+エクセルの画面では以下のようになります。
+{{:pasted:20171124-072636.png}}
+上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。
+{{book2.xlsx}}
+このHbA1cの平均の折れ線グラフと、各月における標準偏差をグラフに書き込みをしたいと思います。
+ファイル　＞　名前をつけて保存　＞　 「CSV(コンマ区切り)（*.csv）」を選択して、「保存」をクリック。
+{{:pasted:20171208-001246.png}}
+すると、book2.csv というファイルが保存される。
+{{:pasted:20171208-001414.png}}
+book2.csvは、以下をテキストファイルにコピーしてからbook2.csvという名前で保存していただけますと、利用できます。
+<code>
+ID,age,sex,DM,HbA1c00M,HbA1c01M,HbA1c02M,HbA1c03M
+,56,M,1,7.3,7.4,7.3,7.4
+,77,F,1,8.3,8.4,8.3,8.2
+,68,M,1,7.1,7,7,7
+,81,F,1,7.6,7.4,7.3,7.4
+,42,M,1,10.1,8.4,7.3,6.5
+,65,M,1,6.1,6.2,6.2,6.3
+,68,F,1,7.8,7.4,7.9,8.4
+</code>
+===== 2.折れ線グラフの作成 =====
+R Studioで、File > New File > R Notebook をクリック
+{{:pasted:20171208-002037.png}}
+File > Save As で、今回は、171028_002 と入力して保存。
+{{:pasted:20171208-002213.png}}
+その後、下図のような位置にある、"Insert"＞"R"　で、「チャンク」を挿入。
+{{:pasted:20171208-002300.png}}
+以下のようにグレーの部分が表示されるので、グレーの部分の中身に、Rのコードを記入。
+{{:pasted:20171208-002452.png}}
+Rのコード
+<code>
+# データの読み込み
+x <- read.csv("book2.csv")
+head(x)
+</code>
+次に、そのコードを書いたチャンク（グレーの部分）の右上の、緑色の三角ボタンをクリック
+{{:pasted:20171208-002837.png}}
+すると、そのチャンク内のコードが実行される。
+{{:pasted:20171208-002927.png}}
+さらに、次の行に新しいチャンクを作成して、以下のコードを記載。
+<code>
+# csvファイルの読み込み
+x <- read.csv("book2.csv")
+# (x,y)の値の指定
+x1 <- c(0, 1, 2, 3)
+y1 <- c(mean(x$HbA1c00M), mean(x$HbA1c01M), mean(x$HbA1c02M), mean(x$HbA1c03M))
+# 高水準関数plotで、座標面を記載
+plot(0, 0, type = "n", xaxt="n", xlim = range(x1), ylim = c(0, max(x[,5:8])),
+     xlab = "Month", ylab = "HbA1c")
+# 低水準関数pointsとlinesで、上で作った座標面に折れ線グラフを追加記載
+m <- apply(x[,5:8], 2, mean)
+s <- apply(x[,5:8], 2, sd)
+points(x1, m, pch=16)
+lines(x1, m)
+# 低水準関数arrowsで、標準偏差を追加記載
+arrows(x1, m + s, x1, m - s, angle = 90, length = 0.1)
+arrows(x1, m - s, x1, m + s, angle = 90, length = 0.1)
+axis(1, at=0:3, labels=c("0M", "1M", "2M", "3M"))
+</code>
+{{:pasted:20171216-234338.png}}
+上の方の、Preview　または、Knit To HTMLをクリック。
+{{:pasted:20171216-234550.png}}
+保存したいグラフを右クリックして、"Copy Image"をクリック。
+{{:pasted:20171216-234755.png}}
+Powerpointか何かを開いて、"Ctrl+V"でペースト。
+{{:pasted:20171216-235201.png}}
+なんだか<wrap hi>[[Excelで折れ線グラフと誤差]]</wrap>と比べて非常に面倒ですが、がんばって勉強すれば、エクセルよりも自由度が高そうです。
-===== １．WindowsにRStudioをインストール =====
-作成中
 ===== 参考文献 =====
 誤差範囲\\
 折れ線グラフにエラーバーをつける方法\\
 https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/errorbar.html
+ggplot2用例集 入門編 - SlideShare\\
+https://www.slideshare.net/mobile/nocchi_airport/ggplot2-62471507\\
+論文の図の作成
+グラフ描画ggplot2の辞書的まとめ20のコード\\
+https://mrunadon.github.io/ggplot2/\\
+→このサイトのコードをコピペするのが簡単か。
+ggplot2 まとめ: 初歩から程よいレベルまで - Mr.Unadon - \\
+https://mrunadon.github.io/images/geom_kazutanR.html
+論文用の棒グラフと折れ線グラフをggplot2で描く\\
+https://mrunadon.github.io/ThesisPlot/
+ggplotで論文用のthemeを作成する\\
+http://qh73xebitbucketorg.readthedocs.io/ja/latest/1.Programmings/r/library/ggplot/tips/reportTheme/\\
+スクリプト冒頭で “library(grid)” とすれば良い
+-12-18
+『心理学研究』に準拠したggplot2のtheme\\
+http://m884.hateblo.jp/entry/2012/12/18/152040
 連載\\
@@ ライン 17: / ライン 169: @@
 http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown
+-12-07\\
+Rで横軸が時系列のグラフを書く\\
+http://touch-sp.hatenablog.com/entry/2017/12/07/074914
+R 使い方 軸・ラベルの調整（向き・サイズ・色など） グラフの描き方
+年11月24日\\
+http://bioinfo-dojo.net/2016/11/24/various_axis_r/
+R でプログラミング：データの一括処理とグラフ描き\\
-作成中
+. グラフの重ね描き\\
+http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_06.html
 ===== リンク =====
@@ ライン 26: / ライン 185: @@
 次：
 <wrap hi>
-[[RNotebookでRインラインコード]]
+[[ggplot2で折れ線グラフ]]
 </wrap>\\

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