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ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ

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ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ [2020/08/12]
adash333 [1.サマリー作成用の関数の定義]
ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ [2020/08/12] (現在)
adash333 [ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ]
行 1: 行 1:
 ====== ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ ====== ====== ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ ======
 +
 +[[初めての医療統計:index.html|初めての医療統計 目次]]
  
 ggplot2(tidyverse)では、カラーのきれいなグラフを出力してくれるのはありがたいのですが、論文用には白黒のグラフを作成したい場合が多いです。 ggplot2(tidyverse)では、カラーのきれいなグラフを出力してくれるのはありがたいのですが、論文用には白黒のグラフを作成したい場合が多いです。
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-===== 1.サマリー作成用の関数の定義 =====+===== 1.グラフ作成用に平均と標準偏差を計算 =====
 ggplot2()でグラフを記載する前に、データを整理する必要があります。 ggplot2()でグラフを記載する前に、データを整理する必要があります。
 +
 +dplyr(tidyverse)の
 +  -<wrap hi>group_by()関数</wrap>
 +  -<wrap hi>summarise()関数</wrap>
 +を用いて、グループごとに、個数、平均、標準偏差を計算して新しい表を作成します。
  
 <code> <code>
行 56: 行 63:
     sd_len=sd(len)     sd_len=sd(len)
   )   )
-  # 蛇足だが、以下の書き方はsdがNAになってしまう+  # 蛇足だが、以下の書き方はsdがNAになってしまうので注意
   # https://dplyr.tidyverse.org/reference/summarise.html   # https://dplyr.tidyverse.org/reference/summarise.html
   # summarise(n=n(), len=mean(len), sd=sd(len))   # summarise(n=n(), len=mean(len), sd=sd(len))
行 71: 行 78:
  
 ===== 2.白黒の折れ線グラフの作成 ===== ===== 2.白黒の折れ線グラフの作成 =====
 +
 +上記で作成した表dを用いて、ggplot()関数でグラフを描きます。
  
 <code> <code>
-library(tidyverse) 
- 
-tg <- ToothGrowth 
-tgc <- summarySE(tg, measurevar="len", groupvars=c("supp","dose")) 
- 
 pd <- position_dodge(0.1) # move them .05 to the left and right pd <- position_dodge(0.1) # move them .05 to the left and right
  
-ggplot(tgc, aes(x=dose, y=len, shape=supp)) + +ggplot(d, aes(x=dose, y=mean_len, shape=supp)) + 
-    theme_set(theme_classic()) + +  theme_set(theme_classic()) + 
-    geom_point(size=4, position=pd) + +  geom_point(size=4, position=pd) + 
-    geom_errorbar(aes(ymin=len-se, ymax=len+se), width=.1, position=pd) + +  geom_errorbar(aes(ymin=mean_len-sd_len, ymax=mean_len+sd_len), width=.1, position=pd) + 
-    geom_line(aes(linetype = supp), position=pd) +  geom_line(aes(linetype = supp), position=pd) + 
 +  # グラフにタイトルをつける 
 +  ggtitle("ToothGrowth") + 
 +  theme(plot.title = element_text(hjust=0.5)) + 
 +  theme(plot.title = element_text(size = 20), 
 +    axis.title.x = element_text(size= 20), 
 +    axis.title.y = element_text(size= 20), 
 +    axis.text.x = element_text(size= 20), 
 +    axis.text.y = element_text(size= 20) 
 +  ) + 
 +  # y軸のラベルの書き換え 
 +  labs(y="Length")
 </code> </code>
  
 以下のようなグラフが出力されます。 以下のようなグラフが出力されます。
  
-{{:pasted:20180811-054428.png}}+{{ :ダウンロード.png |}} 
  
 ===== 3.グラフをpngファイルで出力 ===== ===== 3.グラフをpngファイルで出力 =====

ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ.1597230571.txt.gz · 最終更新: 2020/08/12 by adash333