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rでt検定

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rでt検定 [2018/02/03]
adash333 作成
rでt検定 [2020/08/12] (現在)
adash333 [Rでt検定]
行 1: 行 1:
 ====== Rでt検定 ====== ====== Rでt検定 ======
 +[[初めての医療統計:index.html|初めての医療統計 目次]]
  
 独立した2群間の連続変数の平均値を比較する方法 独立した2群間の連続変数の平均値を比較する方法
行 20: 行 21:
  
  
 +===== 3.正規分布に従う2群の分散が等しいかどうかの判定”F検定(var.test()関数)” =====
  
  
 +F検定の後にt検定することについては、議論があるらしいが、気にしないことにする。
 +
 +標本の分散が帰無仮説に従うかどうかを検定\\
 +F 検定\\
 +2018.01.12\\
 +https://stats.biopapyrus.jp/stats/f-test.html\\
 +{{:pasted:20180203-221541.png}}
 +
 +p>0.05であれば、2群は分散が等しいと言えるので、2群の平均値を比較するときはt検定を用いる。
 +
 +p>0.05であれば、2群は分散が等しいとは言えないので、2群の平均値を比較するときはWelch検定を用いることになる。
 +
 +===== 4.t検定"t.test(group1, group2, paired=F)" =====
 +
 +p<0.05であれば、2群の平均値に有意差あり。
 +
 +p>0.05であれば、2群の平均値に有意差無し。
 +
 +<code>
 +DM_pre <- c(0.0002458, 0.0001889, 0.000129)
 +DM_1POD <- c(0.0001442, 0.00007158, 0.0001055)
 +group1 <- DM_pre
 +group2 <- DM_1POD
 +t.test(group1, group2, paired=F)
 +</code>
 +
 +R Studioでの実行結果(F検定は行っていない)
 +
 +{{:pasted:20180409-084509.png}}
 +
 +元データが表になっている場合
 +
 +<code R>
 +x1 <- data1
 +x2 <- data2
 +
 +group1 <- x1[, "HbA1c"]
 +group2 <- x2[, "HbA1c"]
 +
 +t.test(group1, group2, paired=F)
 +</code>
 +{{:pasted:20190622-061419.png}}
 +
 +
 +
 +
 +
 +===== 5.Welch検定"t.test(group1, group2, var.equal=F, paired=F)" =====
 +
 +t.test()関数の中で、var.equal=F と入れればWelch検定ができる。
 +
 +p<0.05であれば、2群の平均値に有意差あり。
 +
 +p>0.05であれば、2群の平均値に有意差無し。
 +
 +===== 6.Mann-Whitney U検定 =====
 +
 +
 +http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/65.html
 +
 +上記サイトでは、ウィルコクソンの順位和検定と、マン・ホイットニーの U 検定が同じであると記載されている.
 +
 +Wilcoxon-Mann-Whitney検定(WMW検定)\\
 +https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/wmw.html
 +
 +Rによるウィルコクソンの順位和検定\\
 +http://data-science.gr.jp/implementation/ist_r_wilcoxon_rank_sum_test.html
 +
 +<code>
 +ウィルコクソンの順位和検定は2群間に対応がない場合に使う.この検定法はパラメトリック検定でいうところのスチューデントのt検定とかウェルチのt検定に相当する.
 +</code>
 +
 +上記サイトよりコードを引用。
 +
 +<code>
 +install.packages("exactRankTests", repos="http://cran.ism.ac.jp/")
 +library(exactRankTests)
 +
 +wilcox.exact(x=vx,y=vy,paired=F)
 +</code>
 +===== memo =====
 +
 +ks.test()関数を用いるときは、下記コードでは、y1["sBP_00pre"]ではエラーになる。正しくは、y1$sBP_00preのように記載する。データフレームとリストの違い?
 +
 +<code>
 +y1 <- subset(x2, Hb_Improve=="TRUE")
 +y1 <- y1$sBP_00pre
 +ks.test(x=y1,y="pnorm",mean=mean(y1),sd=sd(y1))
 +</code>
 +
 +
 +===== 参考リンク =====
 +Rによるウェルチのt検定\\
 +http://data-science.gr.jp/implementation/ist_r_welch_t_test.html\\
 +{{:pasted:20180217-000345.png}}
  
 ===== 参考文献 ===== ===== 参考文献 =====

rでt検定.1517662797.txt.gz · 最終更新: 2018/10/07 (外部編集)