rnotebookで折れ線グラフ
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rnotebookで折れ線グラフ [2017/12/07] – [1.データの準備] adash333 | rnotebookで折れ線グラフ [2017/12/16] – [参考文献] adash333 | ||
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- | ===== 1.データの準備 ===== | ||
- | エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。 | ||
- | |||
- | 今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。 | ||
- | |||
- | ^ ID ^ age ^ sex ^ DM ^ HbA1c00M ^ HbA1c01M ^ HbA1c02M ^ HbA1c03M ^ | ||
- | | 00001 | 56 | M | 1 | 7.3 | 7.4 | 7.3 | 7.4 | | ||
- | | 00002 | 77 | F | 1 | 8.3 | 8.4 | 8.3 | 8.2 | | ||
- | | 00003 | 68 | M | 1 | 7.1 | 7.0 | 7.0 | 7.0 | | ||
- | | 00004 | 81 | F | 1 | 7.6 | 7.4 | 7.3 | 7.4 | | ||
- | | 00005 | 42 | M | 1 | 10.1 | 8.4 | 7.3 | 6.5 | | ||
- | | 00006 | 65 | M | 1 | 6.1 | 6.2 | 6.2 | 6.3 | | ||
- | | 00007 | 68 | F | 1 | 7.8 | 7.4 | 7.9 | 8.4 | | ||
- | |||
- | エクセルの画面では以下のようになります。 | ||
- | |||
- | {{: | ||
- | |||
- | 上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。 | ||
- | |||
- | {{book2.xlsx}} | ||
- | |||
- | このHbA1cの平均の折れ線グラフと、各月における標準偏差をグラフに書き込みをしたいと思います。 | ||
- | |||
- | 書き込み後のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。 | ||
- | |||
- | {{book2_002.xlsx}} | ||
===== 2.折れ線グラフの作成 ===== | ===== 2.折れ線グラフの作成 ===== | ||
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< | < | ||
+ | # データの読み込み | ||
+ | x <- read.csv(" | ||
+ | head(x) | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | 次に、そのコードを書いたチャンク(グレーの部分)の右上の、緑色の三角ボタンをクリック | ||
+ | |||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | すると、そのチャンク内のコードが実行される。 | ||
+ | |||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | さらに、次の行に新しいチャンクを作成して、以下のコードを記載。 | ||
+ | |||
+ | < | ||
+ | # csvファイルの読み込み | ||
+ | x <- read.csv(" | ||
+ | |||
+ | # (x, | ||
+ | x1 <- c(0, 1, 2, 3) | ||
+ | y1 <- c(mean(x$HbA1c00M), | ||
+ | |||
+ | # 高水準関数plotで、座標面を記載 | ||
+ | plot(0, 0, type = " | ||
+ | xlab = " | ||
+ | |||
+ | # 低水準関数pointsとlinesで、上で作った座標面に折れ線グラフを追加記載 | ||
+ | m <- apply(x[, | ||
+ | s <- apply(x[, | ||
+ | points(x1, m, pch=16) | ||
+ | lines(x1, m) | ||
+ | |||
+ | # 低水準関数arrowsで、標準偏差を追加記載 | ||
+ | arrows(x1, m + s, x1, m - s, angle = 90, length = 0.1) | ||
+ | arrows(x1, m - s, x1, m + s, angle = 90, length = 0.1) | ||
+ | axis(1, at=0:3, labels=c(" | ||
</ | </ | ||
+ | |||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | 上の方の、Preview または、Knit To HTMLをクリック。 | ||
+ | |||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | 保存したいグラフを右クリックして、" | ||
+ | |||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | Powerpointか何かを開いて、" | ||
+ | |||
+ | {{: | ||
+ | |||
+ | なんだか< | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
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折れ線グラフにエラーバーをつける方法\\ | 折れ線グラフにエラーバーをつける方法\\ | ||
https:// | https:// | ||
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+ | ggplot2用例集 入門編 - SlideShare\\ | ||
+ | https:// | ||
+ | 論文の図の作成 | ||
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+ | グラフ描画ggplot2の辞書的まとめ20のコード\\ | ||
+ | https:// | ||
+ | →このサイトのコードをコピペするのが簡単か。 | ||
+ | |||
+ | |||
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+ | ggplot2 まとめ: 初歩から程よいレベルまで - Mr.Unadon - \\ | ||
+ | https:// | ||
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+ | 論文用の棒グラフと折れ線グラフをggplot2で描く\\ | ||
+ | https:// | ||
+ | |||
+ | ggplotで論文用のthemeを作成する\\ | ||
+ | http:// | ||
+ | スクリプト冒頭で “library(grid)” とすれば良い | ||
+ | |||
+ | 2012-12-18 | ||
+ | 『心理学研究』に準拠したggplot2のtheme\\ | ||
+ | http:// | ||
連載\\ | 連載\\ | ||
行 111: | 行 166: | ||
http:// | http:// | ||
+ | 2017-12-07\\ | ||
+ | Rで横軸が時系列のグラフを書く\\ | ||
+ | http:// | ||
+ | R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方 | ||
+ | | ||
+ | http:// | ||
- | + | R でプログラミング:データの一括処理とグラフ描き\\ | |
- | 作成中 | + | 6. グラフの重ね描き\\ |
+ | http:// | ||
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rnotebookで折れ線グラフ.txt · 最終更新: 2018/10/07 by 127.0.0.1