ユーザ用ツール

サイト用ツール


rnotebookで折れ線グラフ

差分

このページの2つのバージョン間の差分を表示します。

この比較画面にリンクする

rnotebookで折れ線グラフ [2017/12/16]
adash333 [リンク]
rnotebookで折れ線グラフ [2018/10/07]
行 1: 行 1:
-===== R Notebookで折れ線グラフと誤差 ===== 
- 
-基本的に、[[Excelで折れ線グラフと誤差]]に記載させていただいた方法でExcelを用いて描く法が圧倒的に早いです。しかし、見栄えを細かく設定したい場合は、Rを用いてグラフを描くとよいと思われます。かなり面倒ですが、慣れてくると、おそらく、楽しくなってくると思われます。 
- 
-===== 1.データの準備 ===== 
-エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。 
- 
-今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。 
- 
-^ ID     ^ age      ^ sex ^ DM     ^ HbA1c00M ^ HbA1c01M ^ HbA1c02M ^ HbA1c03M ^ 
-| 00001    | 56 | M | 1 | 7.3  | 7.4 | 7.3  | 7.4 |  
-| 00002    | 77    | F    | 1  | 8.3  | 8.4 | 8.3  | 8.2 |  
-| 00003    | 68    | M    | 1  | 7.1  | 7.0 | 7.0  | 7.0 |  
-| 00004    | 81    | F    | 1  | 7.6  | 7.4 | 7.3  | 7.4 |  
-| 00005    | 42    | M    | 1  | 10.1 | 8.4 | 7.3  | 6.5 |  
-| 00006    | 65    | M    | 1  | 6.1  | 6.2 | 6.2  | 6.3 |  
-| 00007    | 68    | F    | 1  | 7.8  | 7.4 | 7.9  | 8.4 |  
- 
-エクセルの画面では以下のようになります。 
- 
-{{:pasted:20171124-072636.png}} 
- 
-上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。 
- 
-{{book2.xlsx}} 
- 
-このHbA1cの平均の折れ線グラフと、各月における標準偏差をグラフに書き込みをしたいと思います。 
- 
-ファイル > 名前をつけて保存 >  「CSV(コンマ区切り)(*.csv)」を選択して、「保存」をクリック。 
- 
-{{:pasted:20171208-001246.png}} 
- 
-すると、book2.csv というファイルが保存される。 
- 
-{{:pasted:20171208-001414.png}} 
- 
-book2.csvは、以下をテキストファイルにコピーしてからbook2.csvという名前で保存していただけますと、利用できます。 
- 
-<code> 
-ID,age,sex,DM,HbA1c00M,HbA1c01M,HbA1c02M,HbA1c03M 
-1,56,M,1,7.3,7.4,7.3,7.4 
-2,77,F,1,8.3,8.4,8.3,8.2 
-3,68,M,1,7.1,7,7,7 
-4,81,F,1,7.6,7.4,7.3,7.4 
-5,42,M,1,10.1,8.4,7.3,6.5 
-6,65,M,1,6.1,6.2,6.2,6.3 
-7,68,F,1,7.8,7.4,7.9,8.4 
-</code> 
- 
- 
- 
-===== 2.折れ線グラフの作成 ===== 
-R Studioで、File > New File > R Notebook をクリック 
- 
-{{:pasted:20171208-002037.png}} 
- 
-File > Save As で、今回は、171028_002 と入力して保存。 
- 
-{{:pasted:20171208-002213.png}} 
- 
-その後、下図のような位置にある、"Insert">"R" で、「チャンク」を挿入。 
- 
-{{:pasted:20171208-002300.png}} 
- 
-以下のようにグレーの部分が表示されるので、グレーの部分の中身に、Rのコードを記入。 
- 
-{{:pasted:20171208-002452.png}} 
- 
-Rのコード 
- 
-<code> 
-# データの読み込み 
-x <- read.csv("book2.csv") 
-head(x) 
-</code> 
- 
-次に、そのコードを書いたチャンク(グレーの部分)の右上の、緑色の三角ボタンをクリック 
- 
-{{:pasted:20171208-002837.png}} 
- 
-すると、そのチャンク内のコードが実行される。 
- 
-{{:pasted:20171208-002927.png}} 
- 
-さらに、次の行に新しいチャンクを作成して、以下のコードを記載。 
- 
-<code> 
-# csvファイルの読み込み 
-x <- read.csv("book2.csv") 
- 
-# (x,y)の値の指定 
-x1 <- c(0, 1, 2, 3) 
-y1 <- c(mean(x$HbA1c00M), mean(x$HbA1c01M), mean(x$HbA1c02M), mean(x$HbA1c03M)) 
- 
-# 高水準関数plotで、座標面を記載 
-plot(0, 0, type = "n", xaxt="n", xlim = range(x1), ylim = c(0, max(x[,5:8])), 
-     xlab = "Month", ylab = "HbA1c") 
- 
-# 低水準関数pointsとlinesで、上で作った座標面に折れ線グラフを追加記載 
-m <- apply(x[,5:8], 2, mean) 
-s <- apply(x[,5:8], 2, sd) 
-points(x1, m, pch=16) 
-lines(x1, m) 
- 
-# 低水準関数arrowsで、標準偏差を追加記載 
-arrows(x1, m + s, x1, m - s, angle = 90, length = 0.1) 
-arrows(x1, m - s, x1, m + s, angle = 90, length = 0.1)   
- 
-axis(1, at=0:3, labels=c("0M", "1M", "2M", "3M")) 
-</code> 
- 
-{{:pasted:20171216-234338.png}} 
- 
-上の方の、Preview または、Knit To HTMLをクリック。 
- 
-{{:pasted:20171216-234550.png}} 
- 
-保存したいグラフを右クリックして、"Copy Image"をクリック。 
- 
-{{:pasted:20171216-234755.png}} 
- 
-Powerpointか何かを開いて、"Ctrl+V"でペースト。 
- 
-{{:pasted:20171216-235201.png}} 
- 
-なんだか<wrap hi>[[Excelで折れ線グラフと誤差]]</wrap>と比べて非常に面倒ですが、がんばって勉強すれば、エクセルよりも自由度が高そうです。 
- 
- 
- 
- 
- 
- 
-===== 参考文献 ===== 
-誤差範囲\\ 
-折れ線グラフにエラーバーをつける方法\\ 
-https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/errorbar.html 
- 
- 
- 
-ggplot2用例集 入門編 - SlideShare\\ 
-https://www.slideshare.net/mobile/nocchi_airport/ggplot2-62471507\\ 
-論文の図の作成 
- 
-グラフ描画ggplot2の辞書的まとめ20のコード\\ 
-https://mrunadon.github.io/ggplot2/\\ 
-→このサイトのコードをコピペするのが簡単か。 
- 
- 
- 
-ggplot2 まとめ: 初歩から程よいレベルまで - Mr.Unadon - \\ 
-https://mrunadon.github.io/images/geom_kazutanR.html 
- 
-論文用の棒グラフと折れ線グラフをggplot2で描く\\ 
-https://mrunadon.github.io/ThesisPlot/ 
- 
-ggplotで論文用のthemeを作成する\\ 
-http://qh73xebitbucketorg.readthedocs.io/ja/latest/1.Programmings/r/library/ggplot/tips/reportTheme/\\ 
-スクリプト冒頭で “library(grid)” とすれば良い 
- 
-2012-12-18 
-『心理学研究』に準拠したggplot2のtheme\\ 
-http://m884.hateblo.jp/entry/2012/12/18/152040 
- 
-連載\\ 
-R Markdownで楽々レポートづくり\\ 
-http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown 
- 
-2017-12-07\\ 
-Rで横軸が時系列のグラフを書く\\ 
-http://touch-sp.hatenablog.com/entry/2017/12/07/074914 
- 
-R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方 
- 2016年11月24日\\ 
-http://bioinfo-dojo.net/2016/11/24/various_axis_r/ 
- 
-R でプログラミング:データの一括処理とグラフ描き\\ 
-6. グラフの重ね描き\\ 
-http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_06.html 
- 
-===== リンク ===== 
- 
-次: 
-<wrap hi> 
-[[ggplot2で折れ線グラフ]] 
-</wrap>\\ 
- 
-前: 
-<wrap hi> 
-[[RNotebookでcsvファイルの読み込みと表示]] 
-</wrap>\\ 
- 
-[[sidebar|初めての医療統計 目次]]\\ 
- 
  

rnotebookで折れ線グラフ.txt · 最終更新: 2018/10/07 (外部編集)