===== R Notebookで折れ線グラフと誤差 =====

基本的に、[[Excelで折れ線グラフと誤差]]に記載させていただいた方法でExcelを用いて描く法が圧倒的に早いです。しかし、見栄えを細かく設定したい場合は、Rを用いてグラフを描くとよいと思われます。かなり面倒ですが、慣れてくると、おそらく、楽しくなってくると思われます。
===== 開発環境 =====
Windows 8.1 Pro (64-bit)\\
R Studio 1.1.383

===== 1.データの準備 =====
エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。

今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。

^ ID     ^ age      ^ sex ^ DM     ^ HbA1c00M ^ HbA1c01M ^ HbA1c02M ^ HbA1c03M ^
| 00001    | 56 | M | 1 | 7.3  | 7.4 | 7.3  | 7.4 | 
| 00002    | 77    | F    | 1  | 8.3  | 8.4 | 8.3  | 8.2 | 
| 00003    | 68    | M    | 1  | 7.1  | 7.0 | 7.0  | 7.0 | 
| 00004    | 81    | F    | 1  | 7.6  | 7.4 | 7.3  | 7.4 | 
| 00005    | 42    | M    | 1  | 10.1 | 8.4 | 7.3  | 6.5 | 
| 00006    | 65    | M    | 1  | 6.1  | 6.2 | 6.2  | 6.3 | 
| 00007    | 68    | F    | 1  | 7.8  | 7.4 | 7.9  | 8.4 | 

エクセルの画面では以下のようになります。

{{:pasted:20171124-072636.png}}

上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。

{{book2.xlsx}}

このHbA1cの平均の折れ線グラフと、各月における標準偏差をグラフに書き込みをしたいと思います。

ファイル　＞　名前をつけて保存　＞　 「CSV(コンマ区切り)（*.csv）」を選択して、「保存」をクリック。

{{:pasted:20171208-001246.png}}

すると、book2.csv というファイルが保存される。

{{:pasted:20171208-001414.png}}

book2.csvは、以下をテキストファイルにコピーしてからbook2.csvという名前で保存していただけますと、利用できます。

<code>
ID,age,sex,DM,HbA1c00M,HbA1c01M,HbA1c02M,HbA1c03M
1,56,M,1,7.3,7.4,7.3,7.4
2,77,F,1,8.3,8.4,8.3,8.2
3,68,M,1,7.1,7,7,7
4,81,F,1,7.6,7.4,7.3,7.4
5,42,M,1,10.1,8.4,7.3,6.5
6,65,M,1,6.1,6.2,6.2,6.3
7,68,F,1,7.8,7.4,7.9,8.4
</code>



===== 2.折れ線グラフの作成 =====
R Studioで、File > New File > R Notebook をクリック

{{:pasted:20171208-002037.png}}

File > Save As で、今回は、171028_002 と入力して保存。

{{:pasted:20171208-002213.png}}

その後、下図のような位置にある、"Insert"＞"R"　で、「チャンク」を挿入。

{{:pasted:20171208-002300.png}}

以下のようにグレーの部分が表示されるので、グレーの部分の中身に、Rのコードを記入。

{{:pasted:20171208-002452.png}}

Rのコード

<code>
# データの読み込み
x <- read.csv("book2.csv")
head(x)
</code>

次に、そのコードを書いたチャンク（グレーの部分）の右上の、緑色の三角ボタンをクリック

{{:pasted:20171208-002837.png}}

すると、そのチャンク内のコードが実行される。

{{:pasted:20171208-002927.png}}

さらに、次の行に新しいチャンクを作成して、以下のコードを記載。

<code>
# csvファイルの読み込み
x <- read.csv("book2.csv")

# (x,y)の値の指定
x1 <- c(0, 1, 2, 3)
y1 <- c(mean(x$HbA1c00M), mean(x$HbA1c01M), mean(x$HbA1c02M), mean(x$HbA1c03M))

# 高水準関数plotで、座標面を記載
plot(0, 0, type = "n", xaxt="n", xlim = range(x1), ylim = c(0, max(x[,5:8])),
     xlab = "Month", ylab = "HbA1c")

# 低水準関数pointsとlinesで、上で作った座標面に折れ線グラフを追加記載
m <- apply(x[,5:8], 2, mean)
s <- apply(x[,5:8], 2, sd)
points(x1, m, pch=16)
lines(x1, m)

# 低水準関数arrowsで、標準偏差を追加記載
arrows(x1, m + s, x1, m - s, angle = 90, length = 0.1)
arrows(x1, m - s, x1, m + s, angle = 90, length = 0.1)  

axis(1, at=0:3, labels=c("0M", "1M", "2M", "3M"))
</code>

{{:pasted:20171216-234338.png}}

上の方の、Preview　または、Knit To HTMLをクリック。

{{:pasted:20171216-234550.png}}

保存したいグラフを右クリックして、"Copy Image"をクリック。

{{:pasted:20171216-234755.png}}

Powerpointか何かを開いて、"Ctrl+V"でペースト。

{{:pasted:20171216-235201.png}}

なんだか<wrap hi>[[Excelで折れ線グラフと誤差]]</wrap>と比べて非常に面倒ですが、がんばって勉強すれば、エクセルよりも自由度が高そうです。






===== 参考文献 =====
誤差範囲\\
折れ線グラフにエラーバーをつける方法\\
https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/errorbar.html



ggplot2用例集 入門編 - SlideShare\\
https://www.slideshare.net/mobile/nocchi_airport/ggplot2-62471507\\
論文の図の作成

グラフ描画ggplot2の辞書的まとめ20のコード\\
https://mrunadon.github.io/ggplot2/\\
→このサイトのコードをコピペするのが簡単か。



ggplot2 まとめ: 初歩から程よいレベルまで - Mr.Unadon - \\
https://mrunadon.github.io/images/geom_kazutanR.html

論文用の棒グラフと折れ線グラフをggplot2で描く\\
https://mrunadon.github.io/ThesisPlot/

ggplotで論文用のthemeを作成する\\
http://qh73xebitbucketorg.readthedocs.io/ja/latest/1.Programmings/r/library/ggplot/tips/reportTheme/\\
スクリプト冒頭で “library(grid)” とすれば良い

2012-12-18
『心理学研究』に準拠したggplot2のtheme\\
http://m884.hateblo.jp/entry/2012/12/18/152040

連載\\
R Markdownで楽々レポートづくり\\
http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown

2017-12-07\\
Rで横軸が時系列のグラフを書く\\
http://touch-sp.hatenablog.com/entry/2017/12/07/074914

R 使い方 軸・ラベルの調整（向き・サイズ・色など） グラフの描き方
 2016年11月24日\\
http://bioinfo-dojo.net/2016/11/24/various_axis_r/

R でプログラミング：データの一括処理とグラフ描き\\
6. グラフの重ね描き\\
http://takenaka-akio.org/doc/r_auto/chapter_06.html

===== リンク =====

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<wrap hi>
[[ggplot2で折れ線グラフ]]
</wrap>\\

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<wrap hi>
[[RNotebookでcsvファイルの読み込みと表示]]
</wrap>\\

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