===== R Notebookでcsvファイルの読み込みと表示 =====
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前回の、<wrap hi>[[RNotebookでRインラインコード]]</wrap>では、"R Notebook"の本文中で、Rのコードを実行してみました（インラインコード）。今回は、自作データのcsvファイルを、R Notebookに読み込んで、簡単な統計を行ってみます。

<code>
x <- read.csv("xxx.csv")
</code>

のように記載します。例としては、以下になります。

<code>
x <- read.csv("book2.csv")
</code>

===== 開発環境 =====
Windows 8.1 Pro (64-bit)\\
R Studio 1.1.383

===== １．ExcelデータからR読み込み用csvファイルの作成 =====
エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。

今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。

^ ID     ^ age      ^ sex ^ DM     ^ HbA1c00M ^ HbA1c01M ^ HbA1c02M ^ HbA1c03M ^
| 00001    | 56 | M | 1 | 7.3  | 7.4 | 7.3  | 7.4 | 
| 00002    | 77    | F    | 1  | 8.3  | 8.4 | 8.3  | 8.2 | 
| 00003    | 68    | M    | 1  | 7.1  | 7.0 | 7.0  | 7.0 | 
| 00004    | 81    | F    | 1  | 7.6  | 7.4 | 7.3  | 7.4 | 
| 00005    | 42    | M    | 1  | 10.1  | 8.4 | 7.3  | 6.5 | 
| 00006    | 65    | M    | 1  | 6.1  | 6.2 | 6.2  | 6.3 | 
| 00007    | 68    | F    | 1  | 7.8  | 7.4 | 7.9  | 8.4 | 

エクセルの画面では以下のようになります。

{{:pasted:20171124-072636.png}}

上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。

{{book2.xlsx}}

ファイル > 名前をつけて保存 > CSV(コンマ区切り)(*.csv) で、"保存"をクリック。

{{:pasted:20171217-003135.png}}

この、book2.csvというファイルを、C:/r/R_data/ 下にコピーしておく。（R Notebookでファイルを簡単に指定できるように。）



===== ２．csvファイルの読み込み =====
R Studioの画面で、"File" > "New File" > "R Notebook"　をクリック。

{{:pasted:20171217-000522.png}}

下のような画面になる

{{:pasted:20171217-000210.png}}

チャンクの部分（灰色の部分）に、以下のように記載。

<code>
x <- read.csv("book2.csv")
x
</code>

{{:pasted:20171217-003916.png}}

チャンクの右側の三角ボタンをクリックして、チャンク内のコードを実行。

{{:pasted:20171217-003957.png}}

以下のようになる。

{{:pasted:20171217-004016.png}}

画面右上の方の、"Insert" > "R" で、新しいチャンク（灰色の部分）が挿入されるので、そちらに、以下のコードを記載。


<code>
x <- read.csv("book2.csv")
summary(x)
</code>

{{:pasted:20171217-004142.png}}

チャンクの右側の三角ボタンをクリックして、チャンク内のコードを実行すると、以下のようになる。

{{:pasted:20171217-004233.png}}

ちなみに、各列の標準偏差も計算すると、以下のようになる。
<code>
x <- read.csv("book2.csv")
summary(x)
sd(x$age)
apply(x[,5:8],2,sd)
</code>
{{:pasted:20171217-004805.png}}







===== 参考文献 =====

@tomotagwork
2017年12月06日に更新
R Markdownによるレポート生成\\
https://qiita.com/tomotagwork/items/c92fb40a76f56ea16aa4

連載\\
R Markdownで楽々レポートづくり\\
http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown
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