====== 03.Excelでcsv形式でデータを保存 ====== ---//2019/10/10 更新// 前回の[[00.初めての医療統計rとezr:02.rstudioのインストール|02.RStudioのインストール]]では、WindowsパソコンでRを使用できるようにしました。今回は、自作データをRで利用できるようにするためのデータの作成方法について記載させて頂きます。 EZRやRで統計解析を行う場合、 -Excelでデータを集める(xlsx形式で保存) -データを『名前をつけて保存』でcsv形式で保存 -Rでcsvファイルを読み込む -Rで解析 といった手順を踏むのがスムーズです。 以下に記載させて頂きました。 [[http://i-doctor.sakura.ne.jp/dokuwiki/doku.php/excel%E3%81%A7csv%E5%87%BA%E5%8A%9B|EZR用にExcelでデータを保存するときの注意点とcsv出力]] ===== エクセルで統計データを集計するときにお勧めの記載方法 ===== EZRやRでデータを取り込むときにスムーズに行くように、以下のようにデータ集めしていくのがお勧めです。 ^ ID ^ age ^ sex ^ DM ^ height ^ weight ^group ^ | 00001 | 56 | M | 1 | 169 |60 | A | | 00002 | 77 | F | 1 | 156 |69 | A | | 00003 | 68 | M | 0 | 178 |67 | A | | 00004 | 81 | F | 1 | 165 |71 | A | | 00005 | 72 | M | 0 | 178 |67 | B | | 00006 | 65 | M | 0 | 167 |53 | B | | 00007 | 68 | F | 0 | 156 |50 | B | エクセルの画面では以下のようになります。 {{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191013-074305.png}} {{ :00.初めての医療統計rとezr:book1.xlsx |}} ルールを文章化すると、以下のようになります。 -1行目に、一番左から項目を羅列する -1行目は空欄を作らない -1行目の項目は半角英字で始まり、2文字目以降は半角英数字またはピリオドのみ -2行目以降は、1行につき、1症例のデータを記載する。 -2行目以降でデータが無いセルは『NA』(半角の英語の大文字のNとA)と記載する。 1.2.4は譲れない点です。3.5は、後日、t検定などをおこなうために統計ソフトEZRやRを利用するための準備です。エクセルのみ使用する場合は必須ではありません。 なお、Rは大文字と小文字を別の文字として認識します。 NAはデータ無しという意味ですが、 *Not Applicable：該当なし *Not Available：利用不可、入手不可 の略語だそうです。 ===== readxlでエクセルデータをRにインポート ===== https://qiita.com/tayohei@github/items/4b5170cc12f5a5084abe @tayohei@github 2018年01月08日に更新 readxlでe-statのExcelデータを読んでみる #インストール未であれば、tidyverseをインストール install.library("tidyverse") # libraryの読み込み library("tidyverse") library("readxl") # エクセルファイルの場所 working_dir ="C:/R/sample" # 作業ディレクトリ名 input_file ="./book1.xlsx" # 読み込むファイル名 setwd(working_dir) # なにはともあれ読み込む input_data <- read_excel(input_file,trim_ws=T,sheet=1) ===== リンク ===== 目次：[[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZR]] 前：[[00.初めての医療統計rとezr:02.rstudioのインストール|02.RStudioのインストール]] 次：[[00.初めての医療統計rとezr:04.googlecolaboratoryでrプログラミング|04.GoogleColaboratoryでRプログラミング]]