====== 19.RでRepeated Measures ANOVA　反復測定分散分析 ====== [[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZRトップページ]] ===== EZRでezr-repeated-measures-anova ===== https://haru-reha.com/ezr-repeated-measures-anova/ EZRで反復測定分散分析（repeated-measures-ANOVA）を行う方法① 2021.12.07 →分かりやすい！ ===== ソースコード ===== https://colab.research.google.com/drive/1XSBY6hiXNXOWUUmw_X3dSVCqDYwzq_3G?usp=sharing 220323_RepeatedMeasuredANOVA.ipynb ===== 対応のある3群以上の平均値の比較。正規分布に従い、等分散であり、球面性がある？場合のみ、Repeated Measures ANOVA ===== 正規分布に従わないのであれば、ノンパラメトリック検定である、フリードマン検定を行う http://mizumot.com/handbook/?page_id=422 Rを使った分析（ノンパラメトリック検定） stack()関数 https://yaginogogo.hatenablog.jp/entry/2016/04/22/011327 Rむけのデータ表を作る →pivot_longerとの違いは？ ===== 正規分布の確認 ===== 今回は、HbA1cの経過を時系列変化で有意に下がっているかどうかを検定します。 {{ :00.初めての医療統計rとezr:book2.xlsx |}} {{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20220323-143106.png}} {{ :00.初めての医療統計rとezr:book2.csv |}} 反復測定分散分析はパラメトリック検定 -正規分布 -等分散性の確認が必要。各群が正規分布しているかどうかを、Kolmogorov-Smirnov検定する


library(tidyverse)
d <- tribble(
  ~ID,~age,~sex,~DM,~HbA1c00M,~HbA1c01M,~HbA1c02M,~HbA1c03M,
  1,56,"M",1,7.3,7.4,7.3,7.4,
  2,77,"F",1,8.3,8.4,8.3,8.2,
  3,68,"M",1,7.1,7,7,7,
  4,81,"F",1,7.6,7.4,7.3,7.4,
  5,42,"M",1,10.1,8.4,7.3,6.5,
  6,65,"M",1,6.1,6.2,6.2,6.3,
  7,68,"F",1,7.8,7.4,7.9,8.4
)
d


# データの取り込み
library(tidyverse)
d <- read_csv("book2.csv") 
d

# 正規性の検定 Kolmogorov-Smirnov test
# p>=0.05 であれば、正規分布に従っているとみなすことができる
vx <- d$HbA1c00M
ks.test(x=vx,y="pnorm",mean=mean(vx),sd=sd(vx))

{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20220323-145949.png}} https://data-science.gr.jp/implementation/ist_r_kolmogorov_smirnov_test.html Rによるコルモゴロフ・スミルノフ検定 ===== モークリーの球面性の検定 ===== Mauchly Tests for Sphericity 等分散性の確認。 https://www.r-bloggers.com/2021/04/repeated-measures-of-anova-in-r-complete-tutorial/ Repeated Measures of ANOVA in R Complete Tutorial Posted by finnstats https://yusuke-ujitoko.hatenablog.com/entry/2018/11/29/000314 RでMauchly’s sphericity testを行う 2018-11-29 https://www.datanovia.com/en/lessons/mauchlys-test-of-sphericity-in-r Mauchly’s Test of Sphericity in R https://bellcurve.jp/statistics/glossary/2194.html Mauchlyの球面性検定 Mauchly's sphericity test ===== ソースコード =====


# 0Mから3Mのみでrepeated ANOVA
tidy_d3M <- d %>%
  select(-base6M)
head(tidy_d3M)
dim(tidy_d3M)

tidy_d3M <- d %>%
  filter(type == "male", therapy == 1) %>%
  select(-base6M) %>%
  pivot_longer(
    cols = c(base0M, base1M, base2M, base3M),
    # cols = -c(No, type, therapy),
    names_to = "time",
    values_to = "HbA1c"
  )
head(tidy_d3M)
dim(tidy_d3M)

# 0M-3Mまで一度に計算（Repeated Measured ANOVA）
lm_model <- lm(HbA1c ~ factor(time), data = tidy_d3M)
res <- anova(lm_model)
res

#Repeated Measured ANOVAで、有意差があった場合
#bonferroni法の対応のあるt検定
attach(tidy_d3M)
pairwise.t.test(Ep,factor(time), paired=T, p.adj="bonferroni")
detach()

===== 参考文献 ===== https://datacoach.me/series/statistics/r-multicomparison/ 多重比較法】検定をむやみに繰り返してはいけない 2019年12月27日2020年5月6日 https://www.stats-guild.com/analytics/15332 反復測定分散分析 (Repeated Measures ANOVA) 公開日：2020/02/19 最終更新日：2020/06/17 https://sites.google.com/view/ecology-koyahashimoto/home/rde-sheng-wu-shi-yan-jie-xi/repeated-measures-anova Repeated measures ANOVA 橋本洸哉のページ https://data-science.gr.jp/implementation/ist_r_multiple_comparison_correction.html Rによるボンフェローニ補正 https://foxglovetree.wiki.fc2.com/wiki/Programming.R.anova 分散分析(ANOVA)をする https://www.takuro-fujita.com/?p=747 Rで一元配置分散分析（対応あり）投稿日時: 2012-08-13 http://babybear.site/anova.html 分散分析(analysis of variance: ANOVA) ANOVAとは https://mikuhatsune.hatenadiary.com/entry/20160530/1464615103 時系列データにt 検定を行う 20160530 ===== 見出し ===== [[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZRトップページ]]