====== 初めての医療統計RとEZRトップページ ====== Windowsでcsvファイルを扱うときは、 -Google Colaboratoryで用いるときは、UTF-8 で保存 -Windows上でR StudioやEZRを用いるときは、Shift-JIS で保存に注意します。UTF-8で保存したファイルEZRで読み込んだりすると、以下のようなエラーが出て読み込めません。 {{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20210611-222203.png}} なお、RStudioの場合は、UTF-8のファイルを読み込むこともできます。 →　https://shohei-doi.github.io/quant_polisci/encoding-r.html


# 標準関数の場合
read.csv("data/data_utf8.csv", fileEncoding = "utf8")

# tidyverseの場合
library(tidyverse)
read_csv("data/data_utf8.csv", locale = locale(encoding = "utf8"))

[[00.初めての医療統計rとezr:00.論文投稿メモ|00.論文投稿メモ]] [[00.初めての医療統計rとezr:01.EZR(とR)のインストール|01.EZR(とR)のインストール]] [[00.初めての医療統計rとezr:02.rstudioのインストール|02.RStudioのインストール]] [[00.初めての医療統計rとezr:03.Excelでcsv出力|03.Excelでcsv出力]] [[00.初めての医療統計rとezr:04.GoogleColaboratoryでRプログラミング|04.GoogleColaboratoryでRプログラミング]] [[00.初めての医療統計rとezr:05.Colaboratoryで自前データでRで統計|05.Colaboratoryで自前データでRで統計]] [[00.初めての医療統計rとezr:06.colaboratoryでRで折れ線グラフ|06.Colaboratoryで時系列データでRで折れ線グラフ]] [[00.初めての医療統計rとezr:07.Colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図|07.Colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図]] [[00.初めての医療統計rとezr:08.ggplot2でグラフの体裁を調整|00.初めての医療統計rとezr:08.ggplot2でグラフの体裁を調整]] [[00.初めての医療統計rとezr:09.tibbleとdata.frame|09.tibbleとdata.frame]] [[00.初めての医療統計rとezr:10.Wilcoxonの順位和検定|10.Wilcoxonの順位和検定]] [[00.初めての医療統計rとezr:11.相関係数と相関図|11.相関係数と相関図]] [[00.初めての医療統計rとezr:12.RMarkdownでレポート作成|12.RMarkdownでレポート作成]] [[00.初めての医療統計rとezr:13.tidyrでpivot_longer|13.tidyrでpivot_longer]] [[00.初めての医療統計rとezr:14.Rでone-wayANOVA|14.Rでone-wayANOVA]] [[00.初めての医療統計rとezr:15.Rで重回帰分析|15.Rで重回帰分析]] [[00.初めての医療統計rとezr:16.ggplot2で棒グラフ|16.ggplot2で棒グラフ]] [[00.初めての医療統計rとezr:17.Rでt検定|17.Rでt検定]] [[00.初めての医療統計rとezr:18.Rで対応のあるt検定|18.Rで対応のあるt検定]] [[00.初めての医療統計rとezr:19.RでRepeatedMeasuresANOVA|19.RでRepeatedMeasuresANOVA]] [[00.初めての医療統計rとezr:20.Rでラベルつき散布図|20.Rでラベルつき散布図]] [[00.初めての医療統計rとezr:21.Rで線形混合モデル|21.Rで線形混合モデル]] [[00.初めての医療統計rとezr:22.data.tableとdata.frame|22.data.tableとdata.frame]] [[00.初めての医療統計rとezr:23.連続変数をの解析は最初に正規性の確認を|23.連続変数の解析は最初に正規性を確認する]] [[00.初めての医療統計rとezr:24.一般化推定方程式GEE|24.一般化推定方程式GEE]] [[00.初めての医療統計rとezr:25.ggplot2メモ|25.ggplot2メモ]] [[00.初めての医療統計rとezr:26.傾向スコアマッチング|26.傾向スコアマッチング]] [[00.初めての医療統計rとezr:27.ベイズ統計|27.ベイズ統計]] ===== 見出し ===== [[00.初めての医療統計rとezr:84.診療報酬|84.診療報酬]] [[00.初めての医療統計rとezr:85.Figureの解像度300dpi|85.Figureの解像度300dpi]] [[00.初めての医療統計rとezr:86.VisualStudioCodeでRMarkdown|86.VisualStudioCodeでRMarkdown]] [[00.初めての医療統計rとezr:87.git|87.git]] [[00.初めての医療統計rとezr:88.留学|00.初めての医療統計rとezr:88.留学]] [[00.初めての医療統計rとezr:89.RNAseq|00.初めての医療統計rとezr:89.RNAseq]] [[00.初めての医療統計rとezr:90.医療倫理|90.医療倫理]] [[00.初めての医療統計rとezr:91.Powerpoint2019で音声録画|91.Powerpoint2019で音声録画]] [[00.初めての医療統計rとezr:92.分子系統樹|92.分子系統樹]] [[00.初めての医療統計rとezr:93.Rのお勧めpackage|93.Rのお勧めpackage]] [[00.初めての医療統計rとezr:94.PubMed|94.PubMed]] [[00.初めての医療統計rとezr:95.統計モデルその他メモ|95.統計モデルその他メモ]] [[00.初めての医療統計rとezr:96.VisualStudioCodeでRMarkdown|00.初めての医療統計rとezr:96.VisualStudioCodeでRMarkdown]] [[00.初めての医療統計rとezr:97.ユニバーサルデザイン|00.初めての医療統計rとezr:97.ユニバーサルデザイン]] [[00.初めての医療統計rとezr:98.大学補助金|00.初めての医療統計rとezr:98.大学補助金]] [[00.初めての医療統計rとezr:99.科研費|00.初めての医療統計rとezr:99.科研費]] [[http://i-doctor.sakura.ne.jp/dokuwiki/doku.php/%E5%88%9D%E3%82%81%E3%81%A6%E3%81%AE%E5%8C%BB%E7%99%82%E7%B5%B1%E8%A8%88/index.html|初めての医療統計目次(サルでもわかる機械学習)]] ===== RとEZR ===== Rは、統計解析用プログラミング言語です。無料で、ほとんどの統計解析を行うことができます。 R言語をベースにした、クリック操作による統計解析ソフトがEZRです。最初はこちらがお勧めです。しかし、統計データの一部に変更が生じたり、データが追加された場合、EZRだと、最初から統計をやり直さないといけません。EZRに慣れてきたら、RStudioを用いて、Rで統計解析を行うと、データに変更があってと、かなり楽に統計解析のやり直しを行うことができます。 ===== 論文掲載可能なフリーソフトEZR ===== 初めて統計をしようとする人にとっては、『どのようなときに、どの手法を使えばよいのか？』というところが分からないものです。しかし、2015年に発売された[[http://amzn.to/2zVgALx|初心者でもすぐにできるフリー統計ソフトEZR(Easy R)で誰でも簡単統計解析]]には、具体的な実例とともに、例えば、t検定を行ってよい条件や、実際のt検定のやり方、結果の解釈の仕方などが簡潔に分かりやすく書かれており、統計の本の中で一番のお勧めです。ちなみに、論文のMethodには、


All statistical analyses were performed with EZR (Saitama Medical Center, Jichi Medical University, Saitama, Japan), a graphical user interface for R 2.13.0 (R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria) [19]. More precisely, EZR is a modified version of R commander (version 1.6-3) designed to add statistical functions used frequently used in biostatistics.

と記載すればよいようです。引用文献としては、以下を記載すればよいそうです。


Bone Marrow Transplantation 2013: 48, 452–458

===== RStudioで医療統計のお勧めの本 ===== 上記のEZRの本で、どのようなときにどんな統計を用いたらよいかを調べつつ、実際に論文を書くときは、以下の本で、RStudioを用いて統計を行うのがお勧めです。この本の通りにやれば、初心者でもRプログラミングを用いた統計を行うことができます！

===== ggplot2(tidyverse)でグラフを描くのであれば ===== 以下の本は必携です！

http://delta0726.web.fc2.com/book/ggplot2/00_ggplot2.html Ｒグラフィックス・クックブック ===== 統計を用いて論文をかくために読んでおくとよさそうなサイト ===== https://qiita.com/KentaroUeda/items/946d58cd7a93be7bd9d7 @KentaroUeda 2020年05月04日に更新新卒専用 Advent Calendar 201720日目統計学をツールとして利用する時に参考になるサイトまとめ https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/ 統計・データ解析奥村晴彦 →Rの使い方超お勧め ===== リンク ===== 目次：[[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZR]] 次：[[00.初めての医療統計rとezr:01.ezr_とr_のインストール|01.EZR（とR）のインストール]]