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--- 00.初めての医療統計rとezr:07.colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図 [2019/10/18] – [論文用の白黒の図の作成とtheme_classic()] adash333
+++ 00.初めての医療統計rとezr:07.colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図 [2021/08/08] (現在) – [07.Google ColaboratoryでRで箱ひげ図と蜂群図(ほうぐんず)] adash333
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 ====== 07.Google ColaboratoryでRで箱ひげ図と蜂群図(ほうぐんず) ======
- ---//2019/10/17 更新//
+ ---//2021/08/08 更新//
+[[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZRトップページ]]
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 ===== ソースコード =====
+https://colab.research.google.com/drive/1Jv0eQ0g7K09FfQvUIN4U5ewEW5qphZLV?hl=ja
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 <code>
 tidyverse
+cowplot
 </code>
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 今回は、191018_ggplot-boxplot-beesworm_001.ipynb という名前にしました。
-{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191013-172316.png}}
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-064414.png}}
+===== 自前データのアップロードとread_excel()によるエクセルデータのRへの取り込み =====
+今回、Rに取り込みたい自前データ{{ :00.初めての医療統計rとezr:book3.xlsx |}}を、デスクトップに保存しておくものとします。
+画面左上の『＞』をクリックして、左側からタブのような画面を引き出します。
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-064943.png}}
+『ファイル』をクリック。
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-065035.png}}
+『アップロード』をクリック。
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-065113.png}}
+book3.xlsx を選択して、『開く』をクリック。
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-065944.png|}}
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-070028.png|}}
+左側の画面に、book3.xlsxが表示されるので、右側のコードを入力する画面に以下を入力して、Shift+Enterを押して実行します。
+<code>
+# 後で使用するので、とりあえずtidyverseを使用するための準備
+library(tidyverse)
+# read_excel()関数を使用するための準備
+library(readxl)
+# d に、book3.xlsxの1番目のsheetをtibbleデータとして代入する
+d <- read_excel("book3.xlsx", sheet=1)
+# dの最初の数行を表示する
+head(d)
+str(d)
+</code>
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-070555.png}}
+上記のようにして、自前のエクセルデータをGoogle ColaboratoryのR上に取り込むことができました。
+===== geom_plot()関数を用いて箱ひげ図を描く =====
+以下のように入力して、Shift+Enterで、groupごとの箱ひげ図を作成します。
+<code>
+# ggplotのgeom_bosplot()関数を用いて箱ひげ図を描く
+ggplot(d, aes(x = group, y = glucose)) +
+  geom_boxplot() +
+  theme_classic()
+</code>
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-075647.png}}
+これで、箱ひげ図を描くことができました。
+===== geom_dotplot()関数を用いてbeesworm蜂群図（ほうぐんず）を描く =====
+以下のように入力して、Shift+Enterで、groupごとの蜂群図（ほうぐんず）を作成します。
+<code>
+# geom_dotplot()関数を用いてbeesworm 蜂群図(ほうぐんず)を描く
+# https://wikidocs.net/40935
+ggplot(d, aes(x = group, y = glucose)) +
+  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center") +
+  theme_classic()
+</code>
+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-080521.png}}
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 -08-03
 Rmarkdownで蜂群図(ほうぐんず)を書いてみよう！
+https://rpubs.com/nishikosh/ggplot2
+ggplot2を用いてグラフ作成
+S.Konishi
+-01-18
+===== Rで平均値と標準偏差のグラフのリンク =====
+https://www.biodr-goro.com/entry/2019/04/24/224904
+ggplot2でお絵かき:プロット+平均値+標準偏差を示す
+20200622
 ===== 論文用の白黒の図の作成とtheme_classic() =====
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+cowplot...
+===== ソースコード =====
+https://colab.research.google.com/drive/1Jv0eQ0g7K09FfQvUIN4U5ewEW5qphZLV?hl=ja