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00.初めての医療統計rとezr:12.rmarkdownでレポート作成


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00.初めての医療統計rとezr:12.rmarkdownでレポート作成 [2021/06/16]
adash333 [RMarkdownについて]
00.初めての医療統計rとezr:12.rmarkdownでレポート作成 [2021/08/07] (現在)
adash333 [Rmdからpurl関数でRコードを抜く]
行 2: 行 2:
 [[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZRトップページ]] [[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZRトップページ]]
  
 +===== RStudioでRNotebookで統計解析と同時にレポート作成 =====
 +
 +<code>
 +R version 4.1.0 (2021-05-18)
 +RStudio Version 1.4.1717
 +</code>
 +RStudioで画面を黒くする方法
 +Tools > Global Options , Appearanceで、Editor themeでVibrant Ink を選択して、OK
 +
 +File > New File > R Notebook で、R Notebookを作成した後、冒頭のYAMLヘッダーを、以下のように書き換える
 +<code>
 +---
 +title: "タイトル"
 +author: "なまえ"
 +created_at: 2021/8/3
 +updated_at: '`r format(Sys.time(), "%Y/%m/%d %H:%M")`'
 +output:
 +  html_document:
 +    df_print: paged
 +    fig_caption: yes
 +    number_sections: yes
 +    pandoc_args:
 +    - --from
 +    - markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash-implicit_figures
 +    self_contained: true
 +    toc: true
 +    toc_float: true
 +---
 +</code>
 +
 +このようにすると、
 +  -html出力
 +  -更新日が自動挿入
 +  -目次が自動挿入
 +となる。
 +
 +RNotebookを編集中に目次を出したい場合は、以下のようにする
 +  -画面上の『Knit』ボタンの右側の『歯車』ボタン>Use Visual Editorをクリック(or Ctrl+Shift+F4)(数十秒時間がかかる)
 +  -Visual Editorになり、横に目次が現れるので、再度、Ctrl+Shift+F4で、Visual Editorをoffにする
 +  -すると、Visual Editorはoffになるが、横の目次はそのまま残る
 +
 +===== Rmdからpurl関数でRコードを抜く =====
 +
 +https://teramonagi.hatenablog.com/entry/20150228/1425086330
 +2015-02-28
 +RmdファイルからRコードを抜くのはpurl関数
 +
 +<code>
 +getwd()
 +list.files()
 +
 +purl("210806_001.Rmd")
 +</code>
 ===== RMarkdownについて ===== ===== RMarkdownについて =====
 https://www.jaysong.net/rmarkdown-intro/ https://www.jaysong.net/rmarkdown-intro/
行 23: 行 76:
 2015年12月09日に投稿 2015年12月09日に投稿
 R MarkdownでKnitした日付を自動的に挿入 R MarkdownでKnitした日付を自動的に挿入
 +
 +https://gedevan-aleksizde.github.io/rmarkdown-cookbook/
 +R Markdown クックブック
 +
 +https://ill-identified.hatenablog.com/entry/2020/09/05/202403
 +2020-09-05 2020-11-09T10:21:28+09:00
 +[R] R Markdown の YAML ヘッダでハマったおまえのための記事
 +
 +===== YAMLヘッダ =====
 +<code>
 +---
 +title: "タイトル"
 +date: "最終修正: `r Sys.time()`"
 +output:
 +  html_document:
 +    md_extensions: -ascii_identifiers
 +    toc: true # table of content true
 +    toc_depth: 3
 +    number_section: true
 +---
 +</code>
 +
 +https://www.it-swarm-ja.com/ja/r-markdown/rmarkdown-knit%E3%81%A7r%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%89%E3%82%92%E9%9D%9E%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%AB%E3%81%97%E3%80%81%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%99%E3%82%8B/1068728644/
 +
 +<code>
 +2)チャンクを非表示にします(グローバル)。
 +knitr::opts_chunk$set関数を使用して、knitrのデフォルトの動作を変更できます。ドキュメントの最初にこれを呼び出し、include=FALSEをチャンクヘッダーに含めて、出力を抑制します。
 +
 +---
 +output: html_document
 +---
 +
 +```{r include = FALSE}
 +knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE)
 +```
 +
 +```{r}
 +plot(cars)
 +```
 +</code>
 +
 +
 +===== Rでスライド作成 =====
 +
 +
 +reveal.jsがよさそう。
 +pptxでも出力できる
 +
 +
 +https://kazutan.github.io/SappoRoR6/rmd_slide.html#/
 +R Markdownによるスライド生成
 +前田和寛(@kazutan)
 +2016/07/09
 +
 +
 +https://mana.bi/wiki.cgi?page=%A5%AD%A5%EF%A4%E1%A4%EB%A1%AAR%A4%C7%A5%D7%A5%EC%A5%BC%A5%F3%A5%C6%A1%BC%A5%B7%A5%E7%A5%F3
 +キワめる!Rでプレゼンテーション
 +2019年10月13日
 +
 +
 +https://qiita.com/nozma/items/bbd681490b2aaaf9ec93
 +@nozma
 +が2019年04月11日に更新
 +RStudioとRMarkdownで作るPowerPointプレゼンテーション
 +
 +
 +https://tam07pb915.wordpress.com/2019/03/02/infinite-moon-reader/
 +Rmarkdownでスライド作るときのリアルタイムプレビュー
 +
 +
 +
 +https://qiita.com/tomo_makes/items/aafae4021986553ae1d8
 +@tomo_makes
 +が2020年07月12日に更新
 +【VS Code + Marp】Markdownから爆速・自由自在なデザインで、プレゼンスライドを作る
 +
 +https://blog.atusy.net/2019/08/11/revealjs-2col-inline-block/
 +Rmd + Revealjs で簡単に印刷もできる2カラムレイアウトを実現する (inline-block)
 +2019-8-11 by Atusy
  
  
 +===== xaringanのインストール(revealjs系統) =====
 +https://qiita.com/nozma/items/21c56c7319e4fefceb79
 +nozma
 +が2019年03月10日に更新
 +xaringanによるスライド作成入門
  
  
 +<code>
 +install.packages("xaringan")
 +</code>
  
 ===== リンク ===== ===== リンク =====


00.初めての医療統計rとezr/12.rmarkdownでレポート作成.1623831793.txt.gz · 最終更新: 2021/06/16 by adash333