ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ
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ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ [2018/08/11] adash333 [エラーバーを片方だけにつける] |
ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ [2018/10/07] (現在) |
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| ライン 4: | ライン 4: | ||
| 基本的には、<wrap em>ggplot()+theme_set(theme_classic())</wrap>を用いるのですが、具体的な方法を記載させていただきたいと思います。 | 基本的には、<wrap em>ggplot()+theme_set(theme_classic())</wrap>を用いるのですが、具体的な方法を記載させていただきたいと思います。 | ||
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| + | ===== 開発環境 ===== | ||
| + | https://rstudio.cloud/ | ||
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| + | 2018年8月現在、メールアドレスを登録するのみで、無料です。 | ||
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| + | [[https://rstudio.cloud/|RStudio Cloud]]のconsole画面（画面左下）で、<wrap hi><wrap em>install.packages("tidyverse")</wrap></wrap>を入力して、tidyverseパッケージをインストールした状態とします。 | ||
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| + | {{:pasted:20180813-231913.png}} | ||
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| + | インストール終了後の画面 | ||
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| + | {{:pasted:20180813-232101.png}} | ||
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| + | 参考：http://twosquirrel.mints.ne.jp/?p=26918 | ||
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| + | ===== Rmdファイルの新規作成と保存 ===== | ||
| + | File > New File > R Notebook で、R Notebookファイルを新規作成。 | ||
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| + | {{:pasted:20180813-232234.png}} | ||
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| + | {{:pasted:20180813-232303.png}} | ||
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| + | 以下のようにR Notebookファイルが作成されるので、 | ||
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| ===== 1.サマリー作成用の関数の定義 ===== | ===== 1.サマリー作成用の関数の定義 ===== | ||
| ライン 100: | ライン 126: | ||
| geom_segment()でエラーバーのxの始点と終点を指定するときに、 | geom_segment()でエラーバーのxの始点と終点を指定するときに、 | ||
| + | <code> | ||
| + | 横軸が数字であれば、as.numeric(key)-0.1のように指定する | ||
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| + | 横軸が文字（00pre, 1month, 2month, 3monthなど）であれば、 | ||
| + | keyを0,1,2,3などに置き換えてから（csvファイルを修正しておいてもよいかもしれません）、 | ||
| + | as.numeric()で数値に変更しておく。 | ||
| </code> | </code> | ||
| - | 横軸が数字であれば、 | + | |
| + | ところが少し難しいポイントとなります。 | ||
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| + | <code> | ||
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| + | pd <- position_dodge(0.1) # move them .05 to the left and right | ||
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| + | ggplot(xc, aes(x=key, y=value, shape=DM, group = DM)) + | ||
| + | theme_set(theme_classic()) + | ||
| + | geom_point(size=4) + | ||
| + | #errorbar without caps | ||
| + | geom_errorbar(data=with(xc,xc[which(DM=='D'),]), | ||
| + | aes(ymin = value, ymax = value+se),width=0) + | ||
| + | geom_errorbar(data=with(xc,xc[which(DM=='N'),]), | ||
| + | aes(ymin = value-se, ymax = value),width=0) + | ||
| + | geom_line(aes(linetype = DM), position=pd) + | ||
| + | #geom_segment for caps | ||
| + | geom_segment(data=with(xc,xc[which(DM=='D'),]), | ||
| + | aes(y=value+se,yend=value+se,x= as.numeric(substr(key, 7, 7))-0.1,xend= as.numeric(substr(key, 7, 7))+0.1)) + | ||
| + | geom_segment(data=with(xc,xc[which(DM=='N'),]), | ||
| + | aes(y=value-se,yend=value-se,x= as.numeric(substr(key, 7, 7))-0.1,xend= as.numeric(substr(key, 7, 7))+0.1)) + | ||
| + | ylim(230, 300) + | ||
| + | ggtitle("Figure 3") + | ||
| + | theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) | ||
| </code> | </code> | ||
| ライン 109: | ライン 165: | ||
| https://stackoverflow.com/questions/44194700/selecting-direction-of-multiple-error-bars-in-a-line-plot | https://stackoverflow.com/questions/44194700/selecting-direction-of-multiple-error-bars-in-a-line-plot | ||
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| + | ===== グラフのtitleを真ん中上に記載 ===== | ||
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| + | <code> | ||
| + | library(tidyverse) | ||
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| + | tg <- ToothGrowth | ||
| + | tgc <- summarySE(tg, measurevar="len", groupvars=c("supp","dose")) | ||
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| + | ggplot(tgc, aes(x=dose, y=len, shape=supp)) + | ||
| + | theme_set(theme_classic()) + | ||
| + | |||
| + | ylim(0, 40) + | ||
| + | | ||
| + | ggtitle("Figure 3") + | ||
| + | theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5)) | ||
| + | |||
| + | </code> | ||
| + | ===== リンク ===== | ||
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| + | |||
| + | https://heavywatal.github.io/rstats/ggplot2.html | ||
ggplot2で論文用の白黒折れ線グラフ.1534022709.txt.gz · 最終更新: 2018/10/07 (外部編集)
