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00.初めての医療統計rとezr:07.colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図


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00.初めての医療統計rとezr:07.colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図 [2019/10/18]
adash333 [Rでbeesworm蜂群図(ほうぐんず)のリンク]
00.初めての医療統計rとezr:07.colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図 [2021/08/08] (現在)
adash333 [07.Google ColaboratoryでRで箱ひげ図と蜂群図(ほうぐんず)]
行 1: 行 1:
 ====== 07.Google ColaboratoryでRで箱ひげ図と蜂群図(ほうぐんず) ====== ====== 07.Google ColaboratoryでRで箱ひげ図と蜂群図(ほうぐんず) ======
- ---//2019/10/17 更新//+ ---//2021/08/08 更新// 
 +[[00.初めての医療統計rとezr:index.html|初めての医療統計RとEZRトップページ]] 
  
  
行 15: 行 17:
 ===== ソースコード ===== ===== ソースコード =====
  
 +
 +https://colab.research.google.com/drive/1Jv0eQ0g7K09FfQvUIN4U5ewEW5qphZLV?hl=ja
  
  
行 29: 行 33:
 <code> <code>
 tidyverse tidyverse
 +cowplot
 </code> </code>
  
行 60: 行 65:
 今回は、191018_ggplot-boxplot-beesworm_001.ipynb という名前にしました。 今回は、191018_ggplot-boxplot-beesworm_001.ipynb という名前にしました。
  
-{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191013-172316.png}}+{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-064414.png}} 
 + 
 +===== 自前データのアップロードとread_excel()によるエクセルデータのRへの取り込み ===== 
 +今回、Rに取り込みたい自前データ{{ :00.初めての医療統計rとezr:book3.xlsx |}}を、デスクトップに保存しておくものとします。 
 + 
 +画面左上の『>』をクリックして、左側からタブのような画面を引き出します。 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-064943.png}} 
 + 
 +『ファイル』をクリック。 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-065035.png}} 
 + 
 +『アップロード』をクリック。 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-065113.png}} 
 + 
 +book3.xlsx を選択して、『開く』をクリック。 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-065944.png|}} 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-070028.png|}} 
 + 
 +左側の画面に、book3.xlsxが表示されるので、右側のコードを入力する画面に以下を入力して、Shift+Enterを押して実行します。 
 + 
 +<code> 
 +# 後で使用するので、とりあえずtidyverseを使用するための準備 
 +library(tidyverse) 
 + 
 +# read_excel()関数を使用するための準備 
 +library(readxl) 
 + 
 +# d に、book3.xlsxの1番目のsheetをtibbleデータとして代入する 
 +d <- read_excel("book3.xlsx", sheet=1) 
 + 
 +# dの最初の数行を表示する 
 +head(d) 
 +str(d) 
 +</code> 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-070555.png}} 
 + 
 +上記のようにして、自前のエクセルデータをGoogle ColaboratoryのR上に取り込むことができました。 
 + 
 +===== geom_plot()関数を用いて箱ひげ図を描く ===== 
 + 
 +以下のように入力して、Shift+Enterで、groupごとの箱ひげ図を作成します。 
 + 
 +<code> 
 +# ggplotのgeom_bosplot()関数を用いて箱ひげ図を描く 
 + 
 +ggplot(d, aes(x = group, y = glucose)) + 
 +  geom_boxplot() + 
 +  theme_classic() 
 +</code> 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-075647.png}} 
 + 
 +これで、箱ひげ図を描くことができました。 
 + 
 +===== geom_dotplot()関数を用いてbeesworm蜂群図(ほうぐんず)を描く ===== 
 + 
 +以下のように入力して、Shift+Enterで、groupごとの蜂群図(ほうぐんず)を作成します。 
 + 
 +<code> 
 +# geom_dotplot()関数を用いてbeesworm 蜂群図(ほうぐんず)を描く 
 +# https://wikidocs.net/40935 
 + 
 +ggplot(d, aes(x = group, y = glucose)) + 
 +  geom_dotplot(binaxis = "y", stackdir = "center") + 
 +  theme_classic() 
 +</code> 
 + 
 +{{:00.初めての医療統計rとezr:pasted:20191019-080521.png}} 
 + 
 + 
 + 
 + 
 + 
  
  
行 128: 行 211:
 中央値の意味と求め方、偶数の場合 中央値の意味と求め方、偶数の場合
 最終更新日 2019/04/13 最終更新日 2019/04/13
 +
 +https://kazutan.github.io/fukuokaR11/intro_ggplot2.html#box_plot
 +ggplot2による可視化入門
 +fukuoka.R #11
 +kazutan
 +2018/9/15
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
  
 ===== Rでbeesworm蜂群図(ほうぐんず)のリンク ===== ===== Rでbeesworm蜂群図(ほうぐんず)のリンク =====
行 147: 行 247:
 2018-08-03 2018-08-03
 Rmarkdownで蜂群図(ほうぐんず)を書いてみよう! Rmarkdownで蜂群図(ほうぐんず)を書いてみよう!
 +
 +https://rpubs.com/nishikosh/ggplot2
 +ggplot2を用いてグラフ作成
 +S.Konishi
 +2019-01-18
 +
 +===== Rで平均値と標準偏差のグラフのリンク =====
 +
 +https://www.biodr-goro.com/entry/2019/04/24/224904
 +ggplot2でお絵かき:プロット+平均値+標準偏差を示す
 +20200622
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +===== 論文用の白黒の図の作成とtheme_classic() =====
 +
 +
 +https://qiita.com/uri/items/615653e83642d7e475de
 +@uri
 +2015年06月08日に更新
 +学会発表のためのggplot2の設定めも
 +
 +
 +
 +https://gist.github.com/soh-i/6332270
 +ggplotの図を透明背景にする
 +
 +https://note.mu/shigeruhanano/n/n1e1333f293b2
 +Rのggplot2でグラフを描く
 +Shigeru Hanano (花野 滋)
 +2018/10/02 15:58
 +
 +
 +cowplot...
 +
 +===== ソースコード =====
 +
 +
 +https://colab.research.google.com/drive/1Jv0eQ0g7K09FfQvUIN4U5ewEW5qphZLV?hl=ja
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
 +
  
  


00.初めての医療統計rとezr/07.colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図.1571402084.txt.gz · 最終更新: 2019/10/18 by adash333