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サルでもわかる機械学習

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00.初めての医療統計rとezr:index.html


初めての医療統計RとEZRトップページ

Windowsでcsvファイルを扱うときは、

  1. Google Colaboratoryで用いるときは、UTF-8 で保存
  2. Windows上でR StudioやEZRを用いるときは、Shift-JIS で保存

に注意します。UTF-8で保存したファイルEZRで読み込んだりすると、以下のようなエラーが出て読み込めません。

00.論文投稿メモ

01.EZR(とR)のインストール

02.RStudioのインストール

03.Excelでcsv出力

04.GoogleColaboratoryでRプログラミング

05.Colaboratoryで自前データでRで統計

06.Colaboratoryで時系列データでRで折れ線グラフ

07.Colaboratoryで箱ひげ図と蜂群図

00.初めての医療統計rとezr:08.ggplot2でグラフの体裁を調整

09.tibbleとdata.frame

10.Wilcoxonの順位和検定

11.相関係数と相関図

12.RMarkdownでレポート作成

13.tidyrでpivot_longer

14.Rでone-wayANOVA

15.Rで重回帰分析

16.ggplot2で棒グラフ

17.Rでt検定

18.Rで対応のあるt検定

19.RでRepeatedMeasuresANOVA

20.Rでラベルつき散布図

21.Rで線形混合モデル

22.data.tableとdata.frame

23.連続変数の解析は最初に正規性を確認する

24.一般化推定方程式GEE

25.ggplot2メモ

85.Figureの解像度300dpi

86.VisualStudioCodeでRMarkdown

87.git

00.初めての医療統計rとezr:88.留学

00.初めての医療統計rとezr:89.RNAseq

90.医療倫理

91.Powerpoint2019で音声録画

92.分子系統樹

93.Rのお勧めpackage

94.PubMed

95.統計モデルその他メモ

00.初めての医療統計rとezr:96.VisualStudioCodeでRMarkdown

00.初めての医療統計rとezr:97.ユニバーサルデザイン

00.初めての医療統計rとezr:98.大学補助金

00.初めての医療統計rとezr:99.科研費

初めての医療統計 目次(サルでもわかる機械学習)

RとEZR

Rは、統計解析用プログラミング言語です。無料で、ほとんどの統計解析を行うことができます。

R言語をベースにした、クリック操作による統計解析ソフトがEZRです。最初はこちらがお勧めです。

しかし、統計データの一部に変更が生じたり、データが追加された場合、EZRだと、最初から統計をやり直さないといけません。EZRに慣れてきたら、RStudioを用いて、Rで統計解析を行うと、データに変更があってと、かなり楽に統計解析のやり直しを行うことができます。

論文掲載可能なフリーソフトEZR

初めて統計をしようとする人にとっては、『どのようなときに、どの手法を使えばよいのか?』というところが分からないものです。しかし、2015年に発売された初心者でもすぐにできるフリー統計ソフトEZR(Easy R)で誰でも簡単統計解析には、具体的な実例とともに、例えば、t検定を行ってよい条件や、実際のt検定のやり方、結果の解釈の仕方などが簡潔に分かりやすく書かれており、統計の本の中で一番のお勧めです。

ちなみに、論文のMethodには、

All statistical analyses were performed with EZR (Saitama Medical Center, Jichi Medical University, Saitama, Japan), a graphical user interface for R 2.13.0 (R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria) [19]. More precisely, EZR is a modified version of R commander (version 1.6-3) designed to add statistical functions used frequently used in biostatistics.

と記載すればよいようです。
引用文献としては、以下を記載すればよいそうです。

Bone Marrow Transplantation 2013: 48, 452–458

RStudioで医療統計のお勧めの本

上記のEZRの本で、どのようなときにどんな統計を用いたらよいかを調べつつ、実際に論文を書くときは、以下の本で、RStudioを用いて統計を行うのがお勧めです。
この本の通りにやれば、初心者でもRプログラミングを用いた統計を行うことができます!

ggplot2(tidyverse)でグラフを描くのであれば

以下の本は必携です!

http://delta0726.web.fc2.com/book/ggplot2/00_ggplot2.html
Rグラフィックス・クックブック

統計を用いて論文をかくために読んでおくとよさそうなサイト

https://qiita.com/KentaroUeda/items/946d58cd7a93be7bd9d7
@KentaroUeda
2020年05月04日に更新
新卒専用 Advent Calendar 201720日目
統計学をツールとして利用する時に参考になるサイトまとめ

https://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/stat/
統計・データ解析
奥村 晴彦
→Rの使い方 超お勧め

リンク


00.初めての医療統計rとezr/index.html.txt · 最終更新: 2021/09/05 by adash333