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00.初めての医療統計rとezr:19.rでrepeatedmeasuresanova


19.RでRepeated Measures ANOVA 反復測定分散分析

対応のある3群以上の平均値の比較。正規分布に従い、等分散であり、球面性がある?場合のみ、Repeated Measures ANOVA

正規分布に従わないのであれば、ノンパラメトリック検定である、フリードマン検定を行う

http://mizumot.com/handbook/?page_id=422
Rを使った分析(ノンパラメトリック検定)

stack()関数
https://yaginogogo.hatenablog.jp/entry/2016/04/22/011327
Rむけのデータ表を作る
→pivot_longerとの違いは?

ソースコード

# 0Mから3Mのみでrepeated ANOVA
tidy_d3M <- d %>%
  select(-base6M)
head(tidy_d3M)
dim(tidy_d3M)

tidy_d3M <- d %>%
  filter(type == "male", therapy == 1) %>%
  select(-base6M) %>%
  pivot_longer(
    cols = c(base0M, base1M, base2M, base3M),
    # cols = -c(No, type, therapy),
    names_to = "time",
    values_to = "HbA1c"
  )
head(tidy_d3M)
dim(tidy_d3M)

# 0M-3Mまで一度に計算(Repeated Measured ANOVA)
lm_model <- lm(HbA1c ~ factor(time), data = tidy_d3M)
res <- anova(lm_model)
res

#Repeated Measured ANOVAで、有意差があった場合
#bonferroni法の対応のあるt検定
attach(tidy_d3M)
pairwise.t.test(Ep,factor(time), paired=T, p.adj="bonferroni")
detach()

参考文献

https://datacoach.me/series/statistics/r-multicomparison/
多重比較法】検定をむやみに繰り返してはいけない
2019年12月27日2020年5月6日

https://www.stats-guild.com/analytics/15332
反復測定分散分析 (Repeated Measures ANOVA)
公開日:2020/02/19 最終更新日:2020/06/17

https://sites.google.com/view/ecology-koyahashimoto/home/rde-sheng-wu-shi-yan-jie-xi/repeated-measures-anova
Repeated measures ANOVA
橋本洸哉のページ

https://data-science.gr.jp/implementation/ist_r_multiple_comparison_correction.html
Rによるボンフェローニ補正

https://foxglovetree.wiki.fc2.com/wiki/Programming.R.anova
分散分析(ANOVA)をする

見出し


00.初めての医療統計rとezr/19.rでrepeatedmeasuresanova.txt · 最終更新: 2021/06/17 by adash333