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サルでもわかる機械学習

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00.初めての医療統計rとezr:11.相関係数と相関図


11.相関係数と相関図

EZRで相関係数と相関図

相関図と相関係数の計算をするならEZRが早い。

https://kirakunurse.com/ezr-pearson-spearman/
EZRの使い方:相関係数(ピアソンとスピアマンについて)

2つの連続変数の相関を評価する流れ

  1. 2つの連続変数が、両方とも正規分布に従うかどうか検定(shapiro)
  2. 2つとも正規分布に従うのであれば、Pearsonの積算相関係数を計算
  3. どちらか1つでも正規分布に従わないのであれば、Spearmanの順序相関係数を計算

(1)正規分布に従うかどうかを検定:シャピロ・ウィルク検定 (Shapiro-Wilk test)

EZRでは、以下でできます。(グラフも描いてくれます)
統計解析>連続変数の解析>正規性の検定

https://data-science.gr.jp/implementation/ist_r_shapiro_wilk_test.html
Rによるシャピロ・ウィルク検定

Rで検定する場合は、saphiro.test()関数を用います。

https://colab.research.google.com/drive/1tfVRkG_rMTvnjF6SLwm6TKxl9Cw4fYcy?usp=sharing

X=c(12, 34, 22, 23, 25, 23, 22)
shapiro.test(x=X)

このとき、p>=0.05 であれば、Xは正規分布を大きく逸脱することは無さそうといえます。

Rで相関係数を計算

https://qiita.com/nkojima/items/4f0bd1db623e4f036080
@nkojima
2019年02月03日に投稿
【R】相関係数を求める方法

https://datacoach.me/series/statistics/r-correlation/
【Rによる統計学 No.3】変数の相関
2019年12月6日

https://hitorimarketing.net/tools/correlation-analysis.html
相関分析のツール、散布図・相関係数のベーシクスと、
Excelでこれらを描画・計算するための一連の手順。
2020/3/27

Rで相関図

相関図というか散布図を描くのならばEZRが楽だが、RNotebookでも可能。

https://colab.research.google.com/drive/1M2s-ho-M6IMHT6vo-dgzL4iWx6DauAnF

https://kazutan.github.io/JSSP2018_spring/visualization.html
データの可視化
紀ノ定 保礼(静岡理工科大学)
2018-04-15

# 相関図
g <- ggplot() +
  geom_point(data = mtcars, mapping = aes(x = disp, y = wt)) +
  geom_smooth(data = mtcars, mapping = aes(x = disp, y = wt), method = "lm", se = FALSE)
g

# 相関係数とp値
cor.test(mtcars$disp, mtcars$wt, method="pearson")

https://stats.biopapyrus.jp/r/ggplot/geom-point.html
ggplot2 で散布図と回帰直線を作成する方法
geom_point
2018.03.01

http://nfunao.web.fc2.com/files/R-intro/R-stat-intro_04.pdf

リンク


00.初めての医療統計rとezr/11.相関係数と相関図.txt · 最終更新: 2020/09/16 by adash333