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00.初めての医療統計rとezr:12.rmarkdownでレポート作成


RMarkdownでレポート作成

RStudioでRNotebookで統計解析と同時にレポート作成

R version 4.1.0 (2021-05-18)
RStudio Version 1.4.1717

RStudioで画面を黒くする方法
Tools > Global Options , Appearanceで、Editor themeでVibrant Ink を選択して、OK

File > New File > R Notebook で、R Notebookを作成した後、冒頭のYAMLヘッダーを、以下のように書き換える

---
title: "タイトル"
author: "なまえ"
created_at: 2021/8/3
updated_at: '`r format(Sys.time(), "%Y/%m/%d %H:%M")`'
output:
  html_document:
    df_print: paged
    fig_caption: yes
    number_sections: yes
    pandoc_args:
    - --from
    - markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash-implicit_figures
    self_contained: true
    toc: true
    toc_float: true
---

このようにすると、

  1. html出力
  2. 更新日が自動挿入
  3. 目次が自動挿入

となる。

RNotebookを編集中に目次を出したい場合は、以下のようにする

  1. 画面上の『Knit』ボタンの右側の『歯車』ボタン>Use Visual Editorをクリック(or Ctrl+Shift+F4)(数十秒時間がかかる)
  2. Visual Editorになり、横に目次が現れるので、再度、Ctrl+Shift+F4で、Visual Editorをoffにする
  3. すると、Visual Editorはoffになるが、横の目次はそのまま残る

Rmdからpurl関数でRコードを抜く

https://teramonagi.hatenablog.com/entry/20150228/1425086330
2015-02-28
RmdファイルからRコードを抜くのはpurl関数

getwd()
list.files()

purl("210806_001.Rmd")

RMarkdownについて

https://www.jaysong.net/rmarkdown-intro/
R Markdown入門

https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html
R Markdown入門

https://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown
連載
R Markdownで楽々レポートづくり
高橋康介

https://qiita.com/tomotagwork/items/c92fb40a76f56ea16aa4
@tomotagwork
2019年11月02日に更新
R Markdownによるレポート生成

https://qiita.com/kazutan/items/024b7b7176b1f70582ed
@kazutan
2015年12月09日に投稿
R MarkdownでKnitした日付を自動的に挿入

https://gedevan-aleksizde.github.io/rmarkdown-cookbook/
R Markdown クックブック

https://ill-identified.hatenablog.com/entry/2020/09/05/202403
2020-09-05 2020-11-09T10:21:28+09:00
[R] R Markdown の YAML ヘッダでハマったおまえのための記事

YAMLヘッダ

---
title: "タイトル"
date: "最終修正: `r Sys.time()`"
output:
  html_document:
    md_extensions: -ascii_identifiers
    toc: true # table of content true
    toc_depth: 3
    number_section: true
---

https://www.it-swarm-ja.com/ja/r-markdown/rmarkdown-knit%E3%81%A7r%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%89%E3%82%92%E9%9D%9E%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%AB%E3%81%97%E3%80%81%E7%B5%90%E6%9E%9C%E3%82%92%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%99%E3%82%8B/1068728644/

2)チャンクを非表示にします(グローバル)。
knitr::opts_chunk$set関数を使用して、knitrのデフォルトの動作を変更できます。ドキュメントの最初にこれを呼び出し、include=FALSEをチャンクヘッダーに含めて、出力を抑制します。

---
output: html_document
---

```{r include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo=FALSE)
```

```{r}
plot(cars)
```

Rでスライド作成

reveal.jsがよさそう。
pptxでも出力できる

https://kazutan.github.io/SappoRoR6/rmd_slide.html#/
R Markdownによるスライド生成
前田和寛(@kazutan)
2016/07/09

https://mana.bi/wiki.cgi?page=%A5%AD%A5%EF%A4%E1%A4%EB%A1%AAR%A4%C7%A5%D7%A5%EC%A5%BC%A5%F3%A5%C6%A1%BC%A5%B7%A5%E7%A5%F3
キワめる!Rでプレゼンテーション
2019年10月13日

https://qiita.com/nozma/items/bbd681490b2aaaf9ec93
@nozma
が2019年04月11日に更新
RStudioとRMarkdownで作るPowerPointプレゼンテーション

https://tam07pb915.wordpress.com/2019/03/02/infinite-moon-reader/
Rmarkdownでスライド作るときのリアルタイムプレビュー

https://qiita.com/tomo_makes/items/aafae4021986553ae1d8
@tomo_makes
が2020年07月12日に更新
【VS Code + Marp】Markdownから爆速・自由自在なデザインで、プレゼンスライドを作る

https://blog.atusy.net/2019/08/11/revealjs-2col-inline-block/
Rmd + Revealjs で簡単に印刷もできる2カラムレイアウトを実現する (inline-block)
2019-8-11 by Atusy

xaringanのインストール(revealjs系統)

https://qiita.com/nozma/items/21c56c7319e4fefceb79
nozma
が2019年03月10日に更新
xaringanによるスライド作成入門

install.packages("xaringan")

リンク


00.初めての医療統計rとezr/12.rmarkdownでレポート作成.txt · 最終更新: 2021/08/07 by adash333