初めてのImageJマクロ（２）特定の画像を2値化して別のフォルダに保存する

2019年6月23日2020年9月15日

ImageJ(Fiji)のマクロを触てみるシリーズの1回目では、コンソール画面にHello World!と表示してみました。

初めてのImageJマクロ（１）HelloWorldと表示する

2回目の今回は、自分のパソコンのフォルダ内の特定の画像ファイルを2値化して、別の名前で保存するマクロを組んでみたいと思います。

Contents

1. やりたいこと
2. 開発環境
3. フォルダと画像の準備
4. ImageJ(Fiji)の起動とScript画面（マクロ）の起動
5. 画像の場所を探す
6. 少し簡単なマクロを書いてみる
7. ImageJマクロのRecorderの利用

やりたいこと

C:/images/input/ フォルダ内の画像ファイルocta001.jpg を開く
octa001.jpg を2値化
2値化した画像を C:/images/output/ フォルダにbinary_octa001.jpg という名前で保存する

開発環境

Windows10 Pro 1803
Fiji (ImageJ 1.52n)

Fijiのインストールについては、
http://i-doctor.sakura.ne.jp/dokuwiki/doku.php/imagej/index.html
をご覧ください。

フォルダと画像の準備

C:/imagej/ フォルダ
C:/imagej/input/ フォルダ
C:/imagej/output/ フォルダ
を作成し、 C:/imagej/input/ フォルダの中に、

octa001.jpg

を保存しておきます。

ImageJ(Fiji)の起動とScript画面（マクロ）の起動

ImageJを起動後、メニューバーの一番左の File をクリックし、順番に、New > Script とクリックします。

Language > IJ1Macro　の順にクリックします。

以下のような状態になります。

画像の場所を探す

New_.ijm に、以下を入力してRunを押します。

f = File.openDialog("a file");
print(f);

以下のように新しいウィンドウが開くので、
C:/images/inpurt/octa001.jpg
を選択して、開く　をクリックします。

Logウィンドウが開くので、そこに記載されている文字列を　右クリック　＞　Copy で、コピーします。今回は、

C:\imagej\input\octa001.jpg

となっていました。

少し簡単なマクロを書いてみる

まずは、こちらのサイトのコードをほぼコピペして、以下のようなプログラムを書いてみたいと思います。

C:/imagej/input/octa001.jpgを開き、
tifファイルに変換して
C:/imagej/output/example_octa001.jpg.tifという名前で保存する

File > New　で、以下のコードをコピペします。

//参照元（\は\\で。画像ファイル以外も開いてしまうので注意）
inputdirectory = "C:\\imagej\\input";

//出力先（\は\\で）
outputdirectory = "C:\\imagej\\output";

//出力するファイル名の頭につける文字列
prefix = "example_";

//ファイルを開く
open(inputdirectory + "\\" + "octa001.jpg");

//Tiffファイル形式でファイルを出力先に保存
saveAs("Tiff", outputdirectory + "\\" + prefix + "octa001.jpg" + ".tif");

//ファイルを閉じる
close();