ImageJで手動でセルカウントするときは”Cell Counter”プラグインが便利
ImageJは便利そうなプラグインがいろいろありますが、環境構築するより前に、手動で数えた場合が早い場合が多々あります。
画像の中の特定の細胞の数などを手動でカウントしたい場合は、メニューバーの、
Plugins > Analyze > Cell Counter > Cell Counter
から、Cell Counterプラグインを出します。
その後の手順は以下のようになります。
- カウントしたい画像を開く
- Cell Counter内で、Keep OriginalのチェックボックスをONにする
- Initialize をクリック
- 左側のCountersのところのType1のラジオボタンをONにした状態で、画像内のカウントしたいものをクリックしていく。すると、自動的にカウントされていきます。
- 同じ画像内の別の種類の細胞をカウントしたいときは、 CountersのところのType2のラジオボタンをONにした状態で、画像内のカウントしたいものをクリックしていきます。
- 初回はなんかうまくいかないことがありますが、一度プラグインを消して、再度Cell Counterプラグインを出したりすると、私の場合はうまくいきました。
開発環境
Windows10 Pro 1803
Fiji (ImageJ 1.52n)
Fijiのインストールについては、
http://i-doctor.sakura.ne.jp/dokuwiki/doku.php/imagej/index.html
をご覧ください。