ImageJ(Fiji)でAuto_Threshold-X.Y.Z.jarプラグインを用いて画像を2値化する

2019年6月9日

ImageJで画像を2値化する方法について調べてみたいと思います。

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開発環境

Windows10 Pro 1803
Fiji (ImageJ 1.52n)

Fijiのインストールについては、
http://i-doctor.sakura.ne.jp/dokuwiki/doku.php/imagej/index.html
をご覧ください。

画像を手動で2値化する場合は、以下の手順でできます。

今回は、vessel densityが29%ということになります。（本当かな？）

ちょっとThersholdを下げて、画面を真っ白にして、Ctrl+Mすると、この画像が79%とのことなので、たぶん、上の29%も正しいのでしょう。

しかし、特殊な計算方法にしたがって2値化したい場合などは、Auto_Threshold-X.Y.Z.jarプラグインを用いるとうまくいくことがあります。次に、このプラグインを使ってみたいと思います。

まず、以下のページからプラグインのAuto_Threshold-X.Y.Z.jarファイルをダウンロードします。

Plugins > Install Plugin… をクリックして、先ほどダウンロードした　
Auto_Threshold-X.Y.Z.jar
（私の場合は、Auto_Threshold-1.17.1.jar　でした）
を選択してインストールします。

ImageJ（Fiji）を閉じてから再起動すると、

Image > Adjust > Auto Local Threshold

から使用することができるようになります。

後は、以下のようにやります。
（Niblack’s thresholding methodを用いる場合）

ちなみに、Niblack methodを用いる際に、パラメータを2つ設定できるようです。（今回はデフォルトのままとしました。）