相同性検索(2)
●基本的知識
http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/alignment_10Apr20_print.pdf
●手元にある２つのアミノ酸配列のアラインメント
（１）blastを用いる方法
→E-valueを算出してくれるが、残基一致率は出してくれない。
がーん。
（２）フリーソフトを用いる方法
http://www.vector.co.jp/soft/winnt/edu/se427412.html
SequenceComparer
→一致文字率を計算してくれる。
（３）特定のタンパクで、異種間の相同性を調べる場合、登録されているものならば、、、
NCBI Geneで目的の遺伝子を検索。
→遺伝子のページの下の方の、homologyなんたらというところをクリック。
→ページの左下で、２つの種を選んで、相同性検索。
→E-valueは計算してくれるが、残基一致率は出してくれない。
（４）ClustalW
http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html
Copy & Pasteの欄に、2個以上の配列をFASTA形式で入れる。
score以外、出してくれない。。。
３つ以上なら、系統図をかいてくれるらしい。。。
（追記）やっと、残基一致率を計算してくれるサイトが見つかった。
http://ocw.kyoto-u.ac.jp/faculty-of-agriculture-jp/department-c05/6787003/contents/a02.pdf
に分かりやすい検索方法が掲載されていた。これはありがたい。
EBI The European Bioinformatics Instituteが提供している、ALIGNというプログラム。
http://www.ebi.ac.uk/emboss/align
