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相同性検索

http://www.rs.noda.tus.ac.jp/~biost/OPFU/yama/public_html/jisshu/anal.htm#HumanGenome

http://www.ipc.shimane-u.ac.jp/plant/protocol/NCBI.htm

http://www-bird.jst.go.jp/minicourses/blast-tutorial.pdf

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/JST_GenomeLiteracy09/BLAST/
奈良先端科学技術大学院大学平成21年度「ゲノムリテラシー講座」配列相同性検索 演習

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/exec_10May11/

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/seqdb_10Apr13_print.pdf
←これが一番最初に読むべき資料か?

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/alignment_10Apr20_print.pdf

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/alignment_10Apr20_print.pdf
相同性検索の原理について
ほとんど分からないが、面白かった。

http://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignment

2つのアミノ酸配列が手元にあるとき、同一残基率の計算方法を知りたい。

2つの配列を入力すると、「○○%です。」という答えを出してくれるサイトを知りたい。

→blatpで片方の配列を検索すればいいだけか。

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE=Proteins

http://ja.wikipedia.org/wiki/BLAST

http://www.geocities.jp/mo_by2/work/jikken/10.html
ネットを用いた配列比較(初級編)

やっと見つかった。。。これだ。

http://lecture.ecc.u-tokyo.ac.jp/~ashugo/database/lec2.html
バイオインフォマティクスの基礎実習
3. ホモロジー検索

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●特定のタンパク質が、2種の生物間で、どのくらい相同性があるかについて調べる方法

(1)特定の種の、特定のたんぱく質をNCBI Geneから検索。

(2)結構下のほうにある、「General gene information」

→「Homology」→「Homologs of the ○○ gene」をクリック。

→左下の方の

image

のところで、上と下を選ぶと、2つのアミノ酸配列をすぐに比較してくれる。

————————————————————————–

遠回りしすぎた。

まずは、NCBI Geneでさっさと検索するべきであった。

 

 

http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmmanualMovieJP05.html

(QuickTimeプラグインが必要。再起動までしてインストールしたのに見られなかった。。。)

http://sci-tech.ksc.kwansei.ac.jp/~fujiwara/bioinfo/section_02.html

 

http://www.dna.bio.keio.ac.jp/lecture/jikken/index.php?FrontPage
早稲田塾で出てきた榊原研究室だ!

 

 

http://biokids.org/?PyMOL%A4%F2%BB%C8%A4%C3%A4%C6%A4%DF%A4%E8%A4%A6

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