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ImageJで手動でセルカウントするときは”Cell Counter”プラグインが便利

2019年9月16日

ImageJは便利そうなプラグインがいろいろありますが、環境構築するより前に、手動で数えた場合が早い場合が多々あります。

画像の中の特定の細胞の数などを手動でカウントしたい場合は、メニューバーの、

Plugins > Analyze > Cell Counter > Cell Counter

から、Cell Counterプラグインを出します。

その後の手順は以下のようになります。

  1. カウントしたい画像を開く
  2. Cell Counter内で、Keep OriginalのチェックボックスをONにする
  3. Initialize をクリック
  4. 左側のCountersのところのType1のラジオボタンをONにした状態で、画像内のカウントしたいものをクリックしていく。すると、自動的にカウントされていきます。
  5. 同じ画像内の別の種類の細胞をカウントしたいときは、 CountersのところのType2のラジオボタンをONにした状態で、画像内のカウントしたいものをクリックしていきます。
  6. 初回はなんかうまくいかないことがありますが、一度プラグインを消して、再度Cell Counterプラグインを出したりすると、私の場合はうまくいきました。

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開発環境

Windows10 Pro 1803
Fiji (ImageJ 1.52n)

Fijiのインストールについては、
http://i-doctor.sakura.ne.jp/dokuwiki/doku.php/imagej/index.html
をご覧ください。

参考サイト

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ImageJ

Posted by twosquirrel