Mediator and cohesin connect gene expression and chromatin architecture.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20720539
insulator element 複数の遺伝子の調節領域がたがいに干渉しないしくみ
intriguing 【形】 魅力的な
insulation【名】絶縁、分離
denominator【名】分母、基準
common denominator〔集団の各構成要素に〕共通すること、共通点、共通項
simultaneously【副】同時に、いっせいに
真核生物の転写調節
遺伝子活性化タンパク gene activator protein
転写基本因子general transcription factor (The Cell p311)
RNAポリメラーゼがプロモーターに正しく結合するのを助け、
DNAの二本鎖をほどいて転写を始められるようにし、
転写開始後はポリメラーゼをプロモーターから離して伸長状態をとらせる働きをする。
TFIID(TBPはTFIIDのサブユニットであり、TATA boxに結合する),
TFIIA,TFIIB,TFIIE,TFIIH（2本鎖を解離させる）, TFIIF
→ここにRNA polymerase IIがくっつく。
転写活性化因子(The Cell p403)
転写基本因子とRNAポリメラーゼをプロモーターに引き寄せ、そこに固定し、相互作用させて転写を開始させる。
（１） 転写装置に対する直接作用
（２） プロモーター付近の染色体構造の変更
Mediator (coactivator)
Mediator is a multiprotein complex that functions as a transcriptional coactivator.
The human Mediator complex has 26 subunits and is 1.2 MDa in size.
chromosome conformation capture (3C) experiment
ES cellの維持に必要な転写調節因子(transcription factor)、クロマチン調節因子（chromatin regulator）を見つけるために、shRNAスクリーニングを行った。
全部で10861個のshRNAを使っている。lentivirusを使って導入。
ES cellを384 wellにまいて、Day1にshRNAをlentivirusを使って導入。(MEFなし)
Day5に、Oct4と、Hoechstで細胞を染色。
染色具合をスコア化した。
Oct4 これだけでiPS cellが作れるほどの、ES細胞維持のマスター遺伝子（転写因子）。
Hoechst（ヘキスト）核が染まる。
Nipbl
cohesin loading factor
Sup Fig1
ChIP-seq
クロマチン免疫沈降法(Chromatin immunoprecipitation)。元来はアセチル化ヒストン抗体で免疫沈降することによりDNA上でのヒストンのアセチル化を検討する手法。その後、転写因子・転写共役因子に対する抗体で免疫沈降してDNAを増幅・検出することにより、転写因子・転写共役因子のDNA上へのリクルートを検討する手法としても用いられる。
真核生物の転写調節
遺伝子活性化タンパク gene activator protein
転写基本因子general transcription factor (The Cell p311)
RNAポリメラーゼがプロモーターに正しく結合するのを助け、
DNAの二本鎖をほどいて転写を始められるようにし、
転写開始後はポリメラーゼをプロモーターから離して伸長状態をとらせる働きをする。
TFIID(TBPはTFIIDのサブユニットであり、TATA boxに結合する),
TFIIA,TFIIB,TFIIE,TFIIH（2本鎖を解離させる）, TFIIF
→ここにRNA polymerase IIがくっつく。
転写活性化因子(The Cell p403)
転写基本因子とRNAポリメラーゼをプロモーターに引き寄せ、そこに固定し、相互作用させて転写を開始させる。
（１） 転写装置に対する直接作用
（２） プロモーター付近の染色体構造の変更
Mediator (coactivator)
Mediator is a multiprotein complex that functions as a transcriptional coactivator.
The human Mediator complex has 26 subunits and is 1.2 MDa in size.
chromosome conformation capture (3C) experiment
(Science 2002 Job Dekker et al. Captureing Chromosome Conformationの、Fig1Aを見る必要あり。)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11847345
(1) ホルムアルデヒドでクロスリンク(ChIPのイメージ)
(2) 特定の制限酵素でdigestion (たとえばEcoRI)
(3) DigestionしたDNAをものすごく薄めて（具体的な濃度の記載見つけられず、、、）、ligationの酵素を加えて、intramolecular ligation
(4) reverse crosslink(crosslinkをほどく)
(5) detect ligation product by quantitative PCR
ES cellの維持に必要な転写調節因子(transcription factor)、クロマチン調節因子（chromatin regulator）を見つけるために、shRNAスクリーニングを行った。
197個のchromatin regulatorと、2021個の転写因子を候補とした。
全部で10861個のshRNAを使っている。（１遺伝子あたりshRNAを５個）
lentivirusを使って導入。
ES cellを384 wellにまいて、Day1にshRNAをlentivirusを使って導入。(MEFなし)
Day5に、Oct4と、Hoechstで細胞を染色。
染色具合をスコア化した。
Oct4 これだけでiPS cellが作れるほどの、ES細胞維持のマスター遺伝子（転写因子）。
Hoechst（ヘキスト）核が染まる。
Nipbl : cohesin loading factor
Sup Fig1
ChIP-seq → ChIPした後、次世代シーケンサーでDNA断片をすべて読む。特定のタンパクが結合しやすいDNA配列の場所を調べる方法。
クロマチン免疫沈降法(Chromatin immunoprecipitation)。元来はアセチル化ヒストン抗体で免疫沈降することによりDNA上でのヒストンのアセチル化を検討する手法。その後、転写因子・転写共役因子に対する抗体で免疫沈降してDNAを増幅・検出することにより、転写因子・転写共役因子のDNA上へのリクルートを検討する手法としても用いられる。
CTCFがインシュレーター配列に結合し、エンハンサーとプロモーターのinteractionをblockする。（ヒトのCTCFサイトは15,000個）