塩基配列の比較、アミノ酸配列の比較

2011年9月12日

（例題）マウスのVEGF-Aのタンパクの、368aaの配列と、392aaの配列を比較する。

（１）Ensemblで、VEGFAを検索

（２）図のLength (aa)を見て、今回は、Vegfa-001 (368aa)と、Vefga-003 (392aa)を選ぶことになる。

（３）Vegfa-001のアミノ酸配列をfasta形式で出力する。

●Vefga-001のProtein IDのところをクリック。

●この画面で、domainを確認できる（そのドメインがアミノ酸配列の何番目から何番目までかも分かる）。今回は、画面左下の方の、「Export data」をクリック。

●Export data画面が出てくるので、下図のように、Peptide sequenceのみ、チェックボックスをONにして、「Next」をクリック。

●Textをクリック

●新しいタブが開いて、以下のようにアミノ酸配列がFASTA形式で出力されるので、コピー（Ctrl + C）。メモ帳などに保存しておいてもよい。ただし、2011年現在、ときどき、配列が更新されることがあるので注意。

（３）同様に、Vegfa-003のアミノ酸配列をfasta形式で出力する。

（４）ClustalWのホームページへ行き、２つのFASTA形式のアミノ酸配列をコピペする。
Ensemblのページをそのままコピー＆ペーストすればよい。
1個目の配列をコピペしたら、改行して、2個目の配列をコピペ。

ここに３つ以上の配列を入れると、ツリーを作ってくれるらしい？（まだ自分はうまくいっていない。）

（５）「入力内容の送信」をクリック

（６）View Resultをクリック

（７）以下のように結果が表示される。

（８）残基一致率を求めたい場合は、以下のサイト。

EBI The European Bioinformatics Instituteが提供している、ALIGNというプログラム。

以下のフリーソフトを利用してもよいかも。