相同性検索

2011年6月15日

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/JST_GenomeLiteracy09/BLAST/
奈良先端科学技術大学院大学平成２１年度「ゲノムリテラシー講座」配列相同性検索演習

http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2010/alignment_10Apr20_print.pdf
相同性検索の原理について
ほとんど分からないが、面白かった。

２つのアミノ酸配列が手元にあるとき、同一残基率の計算方法を知りたい。

２つの配列を入力すると、「○○％です。」という答えを出してくれるサイトを知りたい。

→blatpで片方の配列を検索すればいいだけか。

やっと見つかった。。。これだ。

http://lecture.ecc.u-tokyo.ac.jp/~ashugo/database/lec2.html
バイオインフォマティクスの基礎実習
3. ホモロジー検索

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●特定のタンパク質が、２種の生物間で、どのくらい相同性があるかについて調べる方法

（１）特定の種の、特定のたんぱく質をNCBI Geneから検索。

（２）結構下のほうにある、「General gene information」

→「Homology」→「Homologs of the ○○ gene」をクリック。

→左下の方の

のところで、上と下を選ぶと、２つのアミノ酸配列をすぐに比較してくれる。

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遠回りしすぎた。

まずは、NCBI Geneでさっさと検索するべきであった。

(QuickTimeプラグインが必要。再起動までしてインストールしたのに見られなかった。。。）