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VisualStudioCodeでRStudioライクな環境構築＋RMarkdownのライブレンダリング(2021年7月時点)→うまくいかずRStudioでやることにしました

2021年7月22日

https://qiita.com/Ikuyadeu/items/edf1ddc733f4d1770d5a

統計をするときは、まずは「初心者でもすぐにできるフリー統計ソフトEZR(Easy R)で誰でも簡単統計解析 」を読みながら、EZR が超お勧めです。

でも、慣れてくると、データが追加されたり、修正が出たり、Reviseのときなどに同じ操作を何回もやっていると、Rを使いたくなっちゃう。

Rを使う場合は、まずは「初心者でもすぐにできるフリー統計ソフトEZR(Easy R)で誰でも簡単統計解析 」を読みながら、RStudioでコーディングする（ときどきEZRでチェックしながら）のがお勧めです。

が超お勧めです。RStudioはかなり便利なのですが

RMarkdownをライブビューできない

という唯一の問題点があります。これを解決する方法として、VisualStudioCodeでvscode-rを使用するという方法があるらしいので、やってみたいと思います。

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今回写経するページ

https://github.com/REditorSupport/vscode-R/wiki/Installation:-Windowsに従って、VisualStudioCodeにvscode-rをインストールし、他の環境もセッティングします。

https://github.com/REditorSupport/vscode-R/wiki/Installation:-Windows

開発環境

Windows 10

今回構築した環境

Windows10
VisualStudioCode 1.57.1
R 4.1.0

Rのインストール

https://cran.ism.ac.jp/　からダウンロードしてインストールします。私のときは、R 4.1.0でした。

VisualStudioCodeのインストール

　https://code.visualstudio.com/download　からダウンロードしてインストールします。

VSCodeの拡張機能vscode-Rのインストール

今回のキモです。

VisualStudioCodeを開き、画面左側の上から4番目の、「Extensions」をクリックします。

図のように、EXTENSIONS:MARKET…のすぐ下の欄に、

ikuyadeu.r

と入力して、拡張機能R(ikuyadeu.r)をインストールします。

VisualStudioCodeにRのPATHを設定

File > Preferences > Settings の順にクリックして、Settings画面を出します。

上の欄に、r.rterm.windows　と入力して、R .Rterm:Windowsを出します

そこに、

C:\\Program Files\\R\\R-4.1.0\\bin\\R.exe

と記載してから、Settingsを閉じます（自動で保存されます）。（R-4.1.0や、C:\\　のところは、異なる可能性があるので、ご自身の環境に直してください。）

参考：研究用に使うRの開発環境(Rstudio vs. VSCode)(2020-09-19)

Rを起動して、Rのパッケージであるlanuageserverとhttpgdをインストール

Windowsボタンから、Rを起動します。

R Consoleに以下を入力して実行します。

install.packages("languageserver")

CRAN mirrorsの選択画面が出てくるので、適当に選んでOKを押します。

数分待ちます。

インストールが終わったら、

続いて、以下を入力して、httpgdパッケージをインストールします。

install.packages("httpgd")

いったん、Rを閉じます。（作業スペースは保存しません。）

VisualStudioCodeの拡張機能vscode-r-lspのインストール

VisualStudioCodeの拡張機能の画面で、以下を入力して、vscode-r-lspをインストールします。

reditorsupport.r-lsp

radianのインストール

radianが何者なのかはわかりませんが、とりあえず、radianをインストールするために、Pythonをインストールしなければならないそうです。

https://www.python.org/downloads/windows/　からダウンロードしてインストールします。

インストールの最初の画面で、下の方の、

Add Python 3.9 to PATH

のチェックボックスをONにしてから、Install NOW　をクリックして、Pythonのインストールを開始します。

1分くらいでインストールが終わるので、closeします。

“Ctrl+@"を押して、ターミナル画面を出し、以下を入力して、radianをインストールします。

pip install -U radian

引き続きターミナル画面に以下を入力して、radian.exeがインストールした場所を確認します。

where.exe radian

このとき出てくる

C:\Users\(ユーザ名)\AppData\Local\Programs\Python\Python36\Scripts\radian.exe

といった感じの文字列を、メモ帳などにいったんコピーしておきます。

File > Preferences > Settings の順にクリックして、Settings画面を出します。

Settings画面が出てくるので、上の欄に、 r.rterm.windows と入力して　R > Rterm: Windowsの画面を出して、その欄に、先ほどコピーしたradian.exeの場所をペーストします。

（ここらへんがよくわからないのですが、私の環境では、C:\\Users\\ にしないで、 C:\Users\…　のまま、 ペーストすると、後でうまくいきました。）

さらに、Settingsの上の欄に、r.bracketedPaste　と入力して、R: Bracketed PasteのところのチェックボックスをONにします。

VisualStudioCodeの拡張機能R Debuggerをインストール

VisualStudioCodeの画面左側の拡張機能のアイコンをクリックして、上の欄に、

RDebugger

と入力して、R Debuggerをインストールします。

Rのパッケージhttpgdをインストール

Windowsボタンから、Rを起動します。

R Consoleに以下を入力して、httpgdパッケージをインストールします。

install.packages("httpgd")

すぐにインストールが終了します。

VS Code の拡張機能「markdown-pdf」をインストール

VisualStudioCodeの拡張機能で、markdown-pdf をインストールします。

File > Preferences > Settings でSettings画面を開き、Extensions > Markdown PDF > Type のところの pdf の右側の鉛筆アイコンをクリックして、

pdf を html　に変更します。

さらに、Settingsの上の欄に、　r.sessionWatcher　と入力して　R: Session Watcher　のチェックボックスをONにします。

keybinding の設定

“Ctrl + i"で、Rmdファイルと同じフォルダにhtmlファイルを作成するように設定します。

File > Preferences > Keyboard Shortcuts の順にクリックします。

画面右上の図のようなアイコンをクリック。

[] の中に、以下のコードを追記します。

    {
        "description": "knit to html",
        "key": "ctrl+i",
        "command": "r.runCommandWithEditorPath",
        "when": "editorTextFocus",
        "args": "rmarkdown::render(\"$$\", output_format = rmarkdown::html_document(), output_dir = \".\", clean = TRUE)"
    }

(変更前)

（変更後）

参考１：Visual Studio Code で R の実行環境を整える 公開日：2021年6月26日

参考２：VSCodeでRMarkdownを使う　@hakos　が2021年01月17日に作成

Rmdファイルを作成してPreviewしてみる

例えば、C:/r/test/ フォルダ内に、test.Rmdファイルを新規作成し、以下のコードを保存してみます。

---
title: "R Notebook"
output: html_notebook
---

This is an [R Markdown](http://rmarkdown.rstudio.com) Notebook. When you execute code within the notebook, the results appear beneath the code. 

Try executing this chunk by clicking the *Run* button within the chunk or by placing your cursor inside it and pressing *Ctrl+Shift+Enter*. 

```{r}
plot(cars)
```

Add a new chunk by clicking the *Insert Chunk* button on the toolbar or by pressing *Ctrl+Alt+I*.

When you save the notebook, an HTML file containing the code and output will be saved alongside it (click the *Preview* button or press *Ctrl+Shift+K* to preview the HTML file).

The preview shows you a rendered HTML copy of the contents of the editor. Consequently, unlike *Knit*, *Preview* does not run any R code chunks. Instead, the output of the chunk when it was last run in the editor is displayed.

図の、”Run Chunk”のところをクリックしてみます。

すると、図のように、グラフが表示されました。

画像のみ保存したい場合は、画像を特定のフォルダにドラッグします。

次に、html化をtry

“Ctrl + i"を押してみると、ダメだった。

rmarkdown::run("test.Rmd")

その他もうまくいかず。まだ難しそう

install.packages("shiny")

これをやってもダメ

結局うまくいかず、RStudioでやることにしました

結局、

  • R 4.1.0
  • RStudio 1.4

で、R Notebookを用いて統計をすることにしました。計算結果の確認には、

  • EZR

また、テキストエディタ（文字列の一括変換がほとんどです）としては、

  • VisualStudioCode

を用いることにしました。

参考リンク

R

Posted by twosquirrel