ggplot2で折れ線グラフ（２）
前回の続き
http://twosquirrel.mints.ne.jp/?p=21579
今回は、以下のサイトを写経してみたい。
2015年 08月 20日
ggplot2を使ったグラフ作成（折れ線、時系列）
http://datator.exblog.jp/24805889/
（環境）
Windows 8.1 Pro
R Studio 1.1.383
（１）データの準備
以下、knit htmlして出てきたもの（表は画像をコピペ）をコピペ。
Contents
ggplot2 で時系列データの折れ線グラフ
Introduction
以下のサイトを写経してみる。
ggplot2を使ったグラフ作成（折れ線、時系列）
http://datator.exblog.jp/24805889/
データの作成
実験。培養細胞をシクロヘキシミドで処理して新規蛋白質合成を止めて、ある蛋白質がどのおうに変化するか、時間経過で測定。（expaシリーズ）
別の薬剤を添加して、蛋白質を測定。（expbシリーズ）
実験は3回繰り返す。
expa1 <- c(100,60,33,25,17)
expa2 <- c(110,55,40,30,15)
expa3 <- c(94,47,37,22,20)
expb1 <- c(100,50,22,15,8)
expb2 <- c(90,45,28,18,8)
expb3 <- c(115,35,24,11,10)
data <- data.frame(expa1, expa2, expa3, expb1, expb2, expb3)
time <- c(0,0.5,1,2,4)
data <- cbind(time, data)
data
それぞれの実験データを個々にプロット
ggplot2と、reshape2の利用
reshape2は、データフレームの再配置に便利なパッケージ
reshape2に含まれるmelt()関数を用いて、データを時間軸と実験ロットによって再配置。
library(ggplot2)## Warning: package 'ggplot2' was built under R version 3.3.3library(reshape2)## Warning: package 'reshape2' was built under R version 3.3.3data_plot_individuals <- melt(data, id="time", measure = c("expa1","expa2","expa3","expb1","expb2","expb3"))
data_plot_individuals
a <- ggplot(data_plot_individuals, aes(x = time, y = value, group = variable, colour = variable)) + geom_line()
a
a <- a + theme(axis.title.x = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.title.y = element_text(size=20, family="Araial"),
axis.text.x = element_text(size=20, colour=1, family="Arial"),
axis.text.y = element_text(size=20, colour=1, family="Arial"))
a <- a + labs(x="Time(hr)", y="Relative level(%)")
a## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません## Warning in grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x
## $y, : Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
測定ポイントをドットで示すときは、geom_point()を用いる。
a <- a + geom_point(aes(colour=variable))
a## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません## Warning in grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x
## $y, : Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
expaとexpbの平均の折れ線グラフ
data_plot_individualsのvariableを、グループ2つ（expaとexpb）に分ける。
group <- rep(c("groupa","groupb"), each=15)
data_plot_group <- cbind(data_plot_individuals, group)
head(data_plot_group)
dplyrパッケージの利用
library(dplyr)## Warning: package 'dplyr' was built under R version 3.3.3##
## Attaching package: 'dplyr'## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, uniongroup_time_mean_sd <- data_plot_group %>% group_by(group, time) %>% summarize(mean = mean(value), sd=sd(value))
group_time_mean_sd
平均の折れ線グラフ
library(ggplot2)
b <- ggplot(group_time_mean_sd, aes(x=time, y=mean, group=group, colour=group)) + geom_line()
b <- b + theme(axis.title.x = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.title.y = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.text.x = element_text(size=20, colour=1, family="Arial"),
axis.text.y = element_text(size=20, colour=1, family="Arial"))
b <- b + labs(x="Time(hr)", y="Relative leve(%)")
b## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません## Warning in grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x
## $y, : Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
エラーバー
測定点にポイント図形も入れる。
errors <- aes(ymax = mean + sd, ymin = mean - sd)
b <- b + geom_errorbar(errors, width = 0.2) + geom_point(aes(colour=group, shape=group), size=4)
b## Warning in grid.Call(L_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, :
## Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません## Warning in grid.Call.graphics(L_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x
## $y, : Windows のフォントデータベースにフォントファミリが見付かりません
縦軸を指定
Hide
b <- b + coord_cartesian(ylim = c(0,120)) + scale_y_continuous(breaks=seq(0,120,by=25), labels=c(0,25,50,75,100))Scale for 'y' is already present. Adding another scale for 'y', which will replace the
existing scale.Hide
b
論文用グラフその1
縦軸横軸の線を入れて背景を白に、線はカラー
Hide
library(ggplot2)
c <- ggplot(group_time_mean_sd, aes(x=time, y=mean, group=group, colour=group)) + geom_line()
c <- c + labs(x="Time(hr)", y="Relative level(%)")
errors <- aes(ymax = mean + sd, ymin = mean - sd)
c <- c + geom_errorbar(errors, width=0.2) + geom_point(aes(colour=group, shape=group), size=4)
c <- c + theme_classic()
c
軸項目名などのスタイルを調整
Hide
library(ggplot2)
c <- ggplot(group_time_mean_sd, aes(x=time, y=mean, group=group, colour=group)) + geom_line()
c <- c + labs(x="Time(hr)", y="Relative level(%)")
errors <- aes(ymax = mean + sd, ymin = mean - sd)
c <- c + geom_errorbar(errors, width=0.2) + geom_point(aes(colour=group, shape=group), size=4)
c <- c + theme_classic()
c <- c + theme(axis.title.x = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.title.y = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.text.x = element_text(size=20, colour=1, family="Arial"),
axis.text.y = element_text(size=20, colour=1, family="Arial"))
c <- c + coord_cartesian(ylim=c(0,120)) + scale_y_continuous(breaks=seq(0,120,by=25), labels=c(0,25,50,75,100))
c
横軸を0から開始。
今回は自動的に、x軸もy軸も０より少し小さい値から始まっている。
Hide
c <- c + coord_cartesian(ylim = c(0,120), xlim = c(0,4.2)) + scale_y_continuous(breaks = seq(0,120,by = 25), labels = c(0,25,50,75,100))Scale for 'y' is already present. Adding another scale for 'y', which will replace the
existing scale.Hide
c
論文用体裁その２
Hide
library(ggplot2)
d <- ggplot(group_time_mean_sd,
aes(x=time, y=mean, group=group)) +
geom_line(aes(linetype=group))
d <- d + geom_point(aes(shape=group), size=4)
d <- d + theme_classic()
d <- d + theme(axis.title.x = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.title.y = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.text.x = element_text(size=20, family="Arial"),
axis.text.y = element_text(size=20, family="Arial"))
d <- d + labs(x="Time(hr)", y="Relative level(%)")
errors <- aes(ymax = mean + sd, ymin = mean - sd)
d <- d + geom_errorbar(errors, width=0.2)
d <- d + coord_cartesian(ylim = c(0,120)) +
scale_y_continuous(breaks = seq(0,120,by=25),labels=c(0,25,50,75,100))
d
やっと、なんか、それらしくなってきたかもしれない。
次は、以下のサイトを写経してみたい。