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ggplot2で折れ線グラフ
以前のリビジョンの文書です
ggplot2で折れ線グラフ
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ggplot2は、Rでグラフを描くときに便利なパッケージです。
使い方
1. RStudioにtidyverseを インストール（ggplot2なども自動的にインストールされる） 2. library(tidyverse) 3. 元データを整然データに変換（gather関数） 4. グラフ描画のコードを記載（ggplot関数）
整然データについては、以下のサイトの解説が非常にわかりやすいです。
開発環境
Windows 8.1 Pro (64-bit)
R Studio 1.1.383
0. RStudioにtidyverseをインストール
tidyverseをインストールすることにより、tidyrやggplot2なども自動的にインストールされます。
作成中
１．ExcelデータからR読み込み用csvファイルの作成
エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。
今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。
| ID | age | sex | DM | HbA1c00M | HbA1c01M | HbA1c02M | HbA1c03M |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 00001 | 56 | M | 1 | 7.3 | 7.4 | 7.3 | 7.4 |
| 00002 | 77 | F | 1 | 8.3 | 8.4 | 8.3 | 8.2 |
| 00003 | 68 | M | 1 | 7.1 | 7.0 | 7.0 | 7.0 |
| 00004 | 81 | F | 1 | 7.6 | 7.4 | 7.3 | 7.4 |
| 00005 | 42 | M | 1 | 10.1 | 8.4 | 7.3 | 6.5 |
| 00006 | 65 | M | 1 | 6.1 | 6.2 | 6.2 | 6.3 |
| 00007 | 68 | F | 1 | 7.8 | 7.4 | 7.9 | 8.4 |
エクセルの画面では以下のようになります。
上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。
ファイル > 名前をつけて保存 > CSV(コンマ区切り)(*.csv) で、“保存”をクリック。
この、book2.csvというファイルを、C:/r/R_data/ 下にコピーしておく。（R Notebookでファイルを簡単に指定できるように。）
２．csvファイルの読み込み
R Studioの画面で、“File” > “New File” > “R Notebook” をクリック。
下のような画面になる
チャンクの部分（灰色の部分）に、以下のように記載。
x <- read.csv("book2.csv")
x
チャンクの右側の三角ボタンをクリックして、チャンク内のコードを実行。
以下のようになる。
3．元データを整然データに変換（gather関数）
R Studioの画面で、画面右上の方の、“Insert” > “R” で、新しいチャンク（灰色の部分）が挿入されるので、そちらに、以下のコードを記載。
library(tidyverse)
x <- read.csv("book2.csv")
data_plot_individuals <- x %>%
gather(key, value, -ID, -age, -sex, -DM)
data_plot_individuals
作成中
4. グラフ描画のコードを記載（ggplot関数）
作成中
参考文献
2016-08-22
ggplot2を使って、折れ線グラフを作る-1
http://mukkujohn.hatenablog.com/entry/2016/08/22/215632
グラフ描画ggplot2の辞書的まとめ20のコード
https://mrunadon.github.io/ggplot2/
論文用の棒グラフと折れ線グラフをggplot2で描く
https://mrunadon.github.io/ThesisPlot/
R言語でデータの並べ替え
http://webbeginner.hatenablog.com/entry/2015/06/02/015010
→reshape2パッケージのmelt関数
reshape2
http://qh73xebitbucketorg.readthedocs.io/ja/latest/1.Programmings/r/library/reshape2/main/
整然データ“tidy data”とは何か？
http://id.fnshr.info/2017/01/09/tidy-data-intro/
『グラフ作成用のパッケージであるggplot2は、整然データを入力として受け付ける』
@wakuteka
2016年12月05日に更新
tidyr::gather( )とtidyr::spread( )でデータフレームを自在に変形する
https://qiita.com/wakuteka/items/a16783571794f12af2ac
2017年現在、ggplot2を用いる際には、
library(tidyverse)
してから、tidyrパッケージのgather()関数を用いると良さそうです。（最初はこんなことを言われても訳わかんないと思いますので、具体例で解説させていただきたいと思います。）蛇足ですが、ggplot2は、tidyverseパッケージに含まれています。
参考文献2
ggplot2の使い方については、ggplot2の作者が著者の以下の本が非常にお勧めです。
リンク
ggplot2で折れ線グラフ.1514379315.txt.gz · 最終更新: 2018/10/07 (外部編集)
