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rnotebookでcsvファイルの読み込みと表示

R Notebookでcsvファイルの読み込みと表示

前回の、RNotebookでRインラインコードでは、“R Notebook”の本文中で、Rのコードを実行してみました(インラインコード)。今回は、自作データのcsvファイルを、R Notebookに読み込んで、簡単な統計を行ってみます。

x <- read.csv("xxx.csv")

のように記載します。例としては、以下になります。

x <- read.csv("book2.csv")

開発環境

Windows 8.1 Pro (64-bit)

R Studio 1.1.383

1.ExcelデータからR読み込み用csvファイルの作成

エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。

今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。

ID age sex DM HbA1c00M HbA1c01M HbA1c02M HbA1c03M
00001 56 M 1 7.3 7.4 7.3 7.4
00002 77 F 1 8.3 8.4 8.3 8.2
00003 68 M 1 7.1 7.0 7.0 7.0
00004 81 F 1 7.6 7.4 7.3 7.4
00005 42 M 1 10.1 8.4 7.3 6.5
00006 65 M 1 6.1 6.2 6.2 6.3
00007 68 F 1 7.8 7.4 7.9 8.4

エクセルの画面では以下のようになります。

上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。

book2.xlsx

ファイル > 名前をつけて保存 > CSV(コンマ区切り)(*.csv) で、“保存”をクリック。

この、book2.csvというファイルを、C:/r/R_data/ 下にコピーしておく。(R Notebookでファイルを簡単に指定できるように。)

2.csvファイルの読み込み

R Studioの画面で、“File” > “New File” > “R Notebook” をクリック。

下のような画面になる

チャンクの部分(灰色の部分)に、以下のように記載。

x <- read.csv("book2.csv")
x

チャンクの右側の三角ボタンをクリックして、チャンク内のコードを実行。

以下のようになる。

画面右上の方の、“Insert” > “R” で、新しいチャンク(灰色の部分)が挿入されるので、そちらに、以下のコードを記載。

x <- read.csv("book2.csv")
summary(x)

チャンクの右側の三角ボタンをクリックして、チャンク内のコードを実行すると、以下のようになる。

ちなみに、各列の標準偏差も計算すると、以下のようになる。

x <- read.csv("book2.csv")
summary(x)
sd(x$age)
apply(x[,5:8],2,sd)

参考文献

@tomotagwork
2017年12月06日に更新
R Markdownによるレポート生成

https://qiita.com/tomotagwork/items/c92fb40a76f56ea16aa4

連載

R Markdownで楽々レポートづくり

http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown

リンク

rnotebookでcsvファイルの読み込みと表示.txt · 最終更新: 2018/10/07 (外部編集)