サルでもわかる機械学習

基本的に、Excelで折れ線グラフと誤差に記載させていただいた方法でExcelを用いて描く法が圧倒的に早いです。しかし、見栄えを細かく設定したい場合は、Rを用いてグラフを描くとよいと思われます。かなり面倒ですが、慣れてくると、おそらく、楽しくなってくると思われます。

エクセルに書き込んでいくのですが、1行目にIDや年齢、糖尿病DMの有無などの項目を並べていき、2行目からは各症例の生データを打ち込んでいきます。できれば、項目もデータも『半角英数字』が望ましいです。もし欠損データがある場合は、『NA』と入力します。

今回は、以下のようなデータを用意します。糖尿病の7症例の3ヶ月間のHbA1c[%]の推移のデータだとします。

エクセルの画面では以下のようになります。

上記のエクセルファイルは、以下からダウンロードできます。

book2.xlsx

このHbA1cの平均の折れ線グラフと、各月における標準偏差をグラフに書き込みをしたいと思います。

ファイル　＞　名前をつけて保存　＞　 「CSV(コンマ区切り)（*.csv）」を選択して、「保存」をクリック。

すると、book2.csv というファイルが保存される。

book2.csvは、以下をテキストファイルにコピーしてからbook2.csvという名前で保存していただけますと、利用できます。

ID,age,sex,DM,HbA1c00M,HbA1c01M,HbA1c02M,HbA1c03M
1,56,M,1,7.3,7.4,7.3,7.4
2,77,F,1,8.3,8.4,8.3,8.2
3,68,M,1,7.1,7,7,7
4,81,F,1,7.6,7.4,7.3,7.4
5,42,M,1,10.1,8.4,7.3,6.5
6,65,M,1,6.1,6.2,6.2,6.3
7,68,F,1,7.8,7.4,7.9,8.4

R Studioで、File > New File > R Notebook をクリック

File > Save As で、今回は、171028_002 と入力して保存。

その後、下図のような位置にある、“Insert”＞“R”　で、「チャンク」を挿入。

以下のようにグレーの部分が表示されるので、グレーの部分の中身に、Rのコードを記入。

Rのコード

# データの読み込み
x <- read.csv("book2.csv")
head(x)

次に、そのコードを書いたチャンク（グレーの部分）の右上の、緑色の三角ボタンをクリック

すると、そのチャンク内のコードが実行される。

さらに、次の行に新しいチャンクを作成して、以下のコードを記載。

（作成中）

# x 軸座標を設定
xaxis <- 1:ncol(x[, -1])

誤差範囲

折れ線グラフにエラーバーをつける方法

https://stats.biopapyrus.jp/r/graph/errorbar.html

連載

R Markdownで楽々レポートづくり

http://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown

2017-12-07

Rで横軸が時系列のグラフを書く

http://touch-sp.hatenablog.com/entry/2017/12/07/074914

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